Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 720,946 | C→T | 100% | intergenic (+106/+110) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 720,946 | 0 | C | T | 98.7% | 484.5 / ‑3.1 | 150 | intergenic (+106/+110) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (79/68); total (81/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
AGGTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTA > NC_000913/720850‑721042 | aGGTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGTACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCCATCTTCATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAgc < 1:1340438/100‑2 (MQ=255) tGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTaa > 1:2881229/1‑99 (MQ=255) tGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAat > 2:599132/1‑100 (MQ=255) gAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGCTGAGCTTTTTACTTAGTAata > 2:3049621/1‑100 (MQ=255) aGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAAtata > 2:128673/1‑100 (MQ=255) aGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAAtata > 1:2747988/1‑100 (MQ=255) 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1:209284/1‑100 (MQ=255) tCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttatta < 2:1933626/100‑1 (MQ=255) aaTCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTGTTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattatt < 2:395235/100‑1 (MQ=255) aTCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTGTTACTTACTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGCTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttatta > 1:1790551/1‑97 (MQ=255) tCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTATTTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTAc > 1:461317/1‑100 (MQ=255) ttAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACgg < 1:3167754/100‑1 (MQ=255) tAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGc > 2:3102416/1‑100 (MQ=255) aaTTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTTTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCt < 1:1851076/100‑1 (MQ=255) 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2:2741750/1‑100 (MQ=255) tACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGt > 2:336767/1‑100 (MQ=255) tACTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGt > 1:2653436/1‑100 (MQ=255) aCTTAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTgca > 1:2048116/1‑98 (MQ=255) | AGGTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTA > NC_000913/720850‑721042 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |