| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 755,789 | G→A | 28.6% | W77* (TGG→TAG) | sdhD → | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 755,789 | 0 | G | A | 28.6% | 263.1 / 122.1 | 168 | W77* (TGG→TAG) | sdhD | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/57); new base A (26/22); total (89/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGT > NC_000913/755690‑755888 | cATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAtgtg > 1:2747452/1‑100 (MQ=255)cATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAtgtg < 1:761934/100‑1 (MQ=255) tatGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGc > 2:1742324/1‑100 (MQ=255) tatGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGc > 2:3151802/1‑100 (MQ=255) tGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAg < 2:1614283/100‑1 (MQ=255) gAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAgg < 2:1549578/100‑1 (MQ=255) gAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAgg > 2:821154/1‑100 (MQ=255) gTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGgtgt > 2:2010263/1‑100 (MQ=255) tCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGgtggt < 1:350507/100‑3 (MQ=255) ggATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCGCCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGAc > 2:501776/1‑100 (MQ=255) ggATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGa > 2:2909536/1‑99 (MQ=255) ggATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGAc > 2:123652/1‑100 (MQ=255) ggATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGAc > 1:1975870/1‑100 (MQ=255) aTCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCg > 2:1301061/1‑100 (MQ=255) tCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGa < 2:1441885/100‑1 (MQ=255) tCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGa > 2:851477/1‑100 (MQ=255) cGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGAc < 1:288559/100‑1 (MQ=255) ggTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACt > 2:1212667/1‑100 (MQ=255) ttcttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACg < 2:2515453/100‑1 (MQ=255) ttcttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACg > 1:2227081/1‑100 (MQ=255) tcttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGt < 1:1159740/100‑1 (MQ=255) cttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGtt > 2:3091760/1‑100 (MQ=255) cttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGACTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGtt < 1:1807845/100‑1 (MQ=255) ttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTa < 2:69811/100‑1 (MQ=255) ttcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTa < 2:325421/100‑1 (MQ=255) tcGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTaa > 1:1912942/1‑100 (MQ=255) cGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTaaa > 1:2060579/1‑100 (MQ=255) gCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAAc < 1:3049321/100‑1 (MQ=255) ccTCTGCGTTCACCAAATTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAAcc < 2:1529479/100‑1 (MQ=255) ctctGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCg > 2:2532296/1‑100 (MQ=255) tctGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCCGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGc > 1:1513611/1‑100 (MQ=255) tctGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAACCCGc > 2:1031120/1‑100 (MQ=255) tctGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGc < 1:3359271/100‑1 (MQ=255) ctGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCt > 2:1851680/1‑100 (MQ=255) tGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTg < 2:1092441/100‑1 (MQ=255) gCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGGTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCCGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGc > 1:839331/1‑97 (MQ=255) cGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGc > 1:1009915/1‑100 (MQ=255) cGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGc < 2:3349899/100‑1 (MQ=255) tCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATACCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCttt < 1:2522880/100‑1 (MQ=255) cACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTg < 1:1721906/100‑1 (MQ=255) cACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTg > 2:1152347/1‑100 (MQ=255) cACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTg > 1:2360193/1‑100 (MQ=255) cACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGCCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTg < 2:2385900/100‑1 (MQ=255) aCCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgc > 2:2592240/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 1:1626200/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 2:1499789/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 2:1935731/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 2:2271591/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg < 1:211252/100‑1 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 2:2941567/1‑100 (MQ=255) ccAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTCTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcg > 1:1287291/1‑100 (MQ=255) cAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcgc > 1:1585120/1‑100 (MQ=255) cAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgcgc < 2:2318408/100‑1 (MQ=255) aaaGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGcc < 2:2060592/100‑1 (MQ=255) aaaGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGcc < 2:323577/100‑1 (MQ=255) gtTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtg > 2:1946672/1‑100 (MQ=255) gtTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtg > 2:940533/1‑100 (MQ=255) gtTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtg > 1:3263227/1‑100 (MQ=255) tCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgct < 2:727599/100‑1 (MQ=255) aCCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctgc < 2:2393692/100‑1 (MQ=255) cccTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCa > 1:1374794/1‑100 (MQ=255) cccTGCTAGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCa > 1:501369/1‑100 (MQ=255) ctgGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTgg < 2:578988/100‑1 (MQ=255) tgGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGt < 2:339239/100‑1 (MQ=255) tgGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGt > 1:2273578/1‑100 (MQ=255) cgcTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGAt < 1:1301057/100‑1 (MQ=255) 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gCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATgg > 2:82269/1‑100 (MQ=255) gCATGTAGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg < 1:851474/99‑1 (MQ=255) ggCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTc > 1:2294493/1‑98 (MQ=255) ggCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGCGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGt > 1:702374/1‑100 (MQ=255) | CATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGT > NC_000913/755690‑755888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |