| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,197,340 | T→C | 63.0% | T65A (ACT→GCT) | ymfD ← | e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,197,340 | 0 | T | C | 63.0% | 102.6 / 116.4 | 119 | T65A (ACT→GCT) | ymfD | e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/25); new base C (36/39); total (55/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTGCATTTTTATAATATCGTGGGACATAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCGCAGCCAAAATCAAGGGCGTGGCCATTTTTCTCAATGCTTCTAATATACT > NC_000913/1197241‑1197438 | ttGCATTTTTATAATATCGTGGGACATAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGt > 2:2848505/1‑100 (MQ=255) tGCATTTTTATAATATCGTGGGACATAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTa > 2:516156/1‑100 (MQ=255) cATTTTTATAATATCGTGGGACATAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTAAc < 1:2390978/100‑1 (MQ=255) cATTTTTATAATATCGTGGGACATAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTAAc > 2:2023586/1‑100 (MQ=255) aTTTTTATAATATCGTGGGACATAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTAACt < 2:474477/100‑1 (MQ=255) tttATAATATCGTGGGACATAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGCAACTtca < 1:3261852/100‑1 (MQ=255) 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2:2896670/1‑100 (MQ=255) tAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGCAACTTCATCAAATTTACtagatcgga > 2:2838295/1‑92 (MQ=255) tAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAAtt > 1:1356605/1‑100 (MQ=255) aGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTAACTTCATCAAATTTACTGATTAATtc > 2:320470/1‑100 (MQ=255) aGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTAACTTCATCAAATTTACTGATTAATtc > 2:3373397/1‑100 (MQ=255) aGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAATtc > 2:2546230/1‑100 (MQ=255) tCAATAATTTTAGTTTTNATTNCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGCAACTTCATNAAATTTACTGATTAATtcat < 1:2130764/100‑1 (MQ=255) tCAATAATTTTAGTTTTAATTTCTCTAATAATTAGCGATATTTCAAGTTACCTTATCGAGTCTAGAAAAGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAAt < 1:244318/96‑1 (MQ=255) 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tCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTcc > 1:55580/1‑99 (MQ=255) tCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCg < 2:2375499/100‑1 (MQ=255) ccTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCGc < 1:694067/100‑1 (MQ=255) ctctAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGCGTCTAGAAAAGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCGCa > 2:2389363/1‑100 (MQ=255) ctctAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCGCa > 1:2252350/1‑100 (MQ=255) ctctAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCGCa < 2:136056/100‑1 (MQ=255) tctAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGtttagatcgg > 2:104559/1‑93 (MQ=255) ctactaATTTGCTCTCTTTCTAGTTGCCTTTTCGAGCCTACAAAAGCAACTTCATCACATTTACTAGCTAAGTCATGAGAATATATAAGTTTTCCGc < 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aaaaGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCGCAGCCAAAATCAAGGGCGTGGCCATTTTTCTCAATGCTTCTAata < 1:1726618/100‑1 (MQ=255) aaaGTAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCGCAGCCAAAATCAAGGGCGTGGCCATTTTTCTCAATGCTTCTAata < 2:2863194/99‑1 (MQ=255) aaaGCAACTTCATGAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCTGCAGCCAAAATCTAGGGTGTAGCCATTTTTCTCAATGCTTCTAatat < 1:840413/100‑1 (MQ=255) aaaGCAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCGCAGCCAAAATCAAGGGCGTGGCCATTTTTCTCAATGCTTCTAatat > 1:2211291/1‑100 (MQ=255) | TTGCATTTTTATAATATCGTGGGACATAGTCAATAATTTTAGTTTTAATTCCTCTAATAATTTGCTCTCTTTCAAGTTGCCTTTTCGAGTCTAGAAAAGTAACTTCATCAAATTTACTGATTAATTCATCAGAATATCTAAGTTTTCCGCAGCCAAAATCAAGGGCGTGGCCATTTTTCTCAATGCTTCTAATATACT > NC_000913/1197241‑1197438 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |