| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,401,844 | A→G | 100% | I471T (ATC→ACC) | abgB ← | p‑aminobenzoyl‑glutamate hydrolase, B subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,401,844 | 0 | A | G | 98.1% | 344.3 / ‑3.5 | 103 | I471T (ATC→ACC) | abgB | p‑aminobenzoyl‑glutamate hydrolase, B subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (51/49); total (53/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AGGACGACGGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGATAGGGCAGTGATACGGTTGCGTGTCCGTTACTTGCTGATGCTCTTGTTGGCATTCTTGCAATAGCCCTGAATCAAGGAAGAGATTGACTGTGGTTG > NC_000913/1401746‑1401940 | aggaCGACGGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGAt < 1:1531184/100‑1 (MQ=255) gacgacGGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAg < 2:2172851/100‑1 (MQ=255) acgacgGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAgg > 2:876364/1‑100 (MQ=255) acgacgGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGGTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAg > 1:1580547/1‑99 (MQ=255) cgacgGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAggg < 1:423428/100‑1 (MQ=255) cgacgGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAggg > 2:2331405/1‑100 (MQ=255) gacgGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAGGGc < 1:447778/100‑1 (MQ=255) gacgGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAGGGc < 2:1587374/100‑1 (MQ=255) acgGTATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAGGGCa < 1:2928656/100‑1 (MQ=255) tATGGATGACATACTCATGGGCATTCCTTGGTGGTTGTGTGTGCGTTGTTGTTTTTATTTTTAAGGTGACGGTGTCACG‑TTTTCGGGGTAGGGCAGTGAt < 2:1974297/100‑1 (MQ=255) aTGGATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAGGGCAGTGAt < 1:2439996/100‑1 (MQ=255) ggATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAGGGCAGTGATAc > 2:908171/1‑100 (MQ=255) gATGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGTCGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAGGGCAGTGATACg < 2:2433132/100‑1 (MQ=255) tGACATACTCATGGGCATTCCTCGGTTGTTGTGTTTGCGTTGTTGTTGTTATTTTAAAGGTGACGGTGTCACGTTTTTCGGGGTAGGGCAGTGATACGGt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |