Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	NC_000913	1,434,459	C→T	100%	intergenic (‑235/+499)	ynaE ← / ← ttcC	cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	1,434,459	0	C	T	92.7%	49.7 / ‑2.5	27	intergenic (‑235/+499)	ynaE/ttcC	cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/2);  new base T (14/11);  total (14/13)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCA  >  NC_000913/1434363‑1434499                                                                                                 |                                         cTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTgg                                       >  1:1545220/1‑100 (MQ=18)  tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTggg                                      <  2:2028126/100‑1 (MQ=18)  tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTggg                                      <  1:2883093/100‑1 (MQ=25)  tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTggg                                      <  2:1104058/100‑1 (MQ=25)   gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGgt                                     >  1:1480848/1‑100 (MQ=25)   gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGgt                                     >  1:1674032/1‑100 (MQ=25)       atGAAAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATATTTGACAATCTTTATCTTGGGTGTTc                                 >  1:871304/1‑100 (MQ=11)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGGCGCGAATGAGTAATGTGTTATATAGGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGTGTGTTCt                                >  1:1844532/1‑100 (MQ=11)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                >  1:494609/1‑100 (MQ=18)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                <  2:3311294/100‑1 (MQ=18)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                <  2:3078287/100‑1 (MQ=18)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                >  2:3054742/1‑100 (MQ=18)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                >  2:2324034/1‑100 (MQ=18)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                >  2:1574276/1‑100 (MQ=18)        tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt                                <  1:1621970/100‑1 (MQ=17)         gATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCtt                               >  1:128037/1‑100 (MQ=18)         gATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCtt                               >  1:420066/1‑100 (MQ=25)         gATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCtt                               >  2:1554642/1‑100 (MQ=18)           tAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTaa                             >  2:3367412/1‑100 (MQ=25)             aGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAg                           <  2:2198904/100‑1 (MQ=14)             aGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAg                           >  1:1680882/1‑100 (MQ=18)             aGGAGCGAAGTGATTATCAGAATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAg                           <  1:1726756/100‑1 (MQ=255)               gAGCAAATTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCCAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTTTCCTGGGTGTTcn                                <  1:2098791/93‑2 (MQ=11)                aGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTc                        <  2:771745/100‑1 (MQ=14)                 gCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCg                       <  1:24268/100‑1 (MQ=14)                  cGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGt                      <  2:2028230/100‑1 (MQ=1)                                             aaaGCCTCAAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAAATAAACATTGTCGTTTCa  <  1:3208786/91‑1 (MQ=255)                                                                                                 |                                         CTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCA  >  NC_000913/1434363‑1434499

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑