| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 750,896 | Δ1 bp | coding (1274/2448 nt) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 750,893 | 0 | C | . | 98.2% | 245.6 / ‑1.9 | 54 | coding (1277/2448 nt) | ybgQ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (33/20); total (34/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
TGTGAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGCCCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATACCCAT > NC_000913/750798‑750987 | tgtgAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGcccgc > 2:1444609/1‑98 (MQ=255) gtgAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGcccgct > 2:1738/1‑97 (MQ=255) gAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCg < 2:1130325/100‑1 (MQ=255) aaTGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTcc < 1:984886/100‑1 (MQ=255) aaTGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTcc > 2:165721/1‑100 (MQ=255) aTGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCct < 2:865642/100‑1 (MQ=255) aTGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCct > 1:1264495/1‑100 (MQ=255) aCGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCctgct < 1:1157794/100‑1 (MQ=255) aTCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCctgctg < 2:1253989/98‑1 (MQ=255) gagaAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATc < 2:648356/100‑1 (MQ=255) gagaAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATc > 2:1116685/1‑100 (MQ=255) aaGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCTACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATCGCTa > 2:1533166/1‑100 (MQ=255) gcggcgAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACt < 2:471301/100‑1 (MQ=255) ggcgAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTgg < 1:644198/100‑1 (MQ=255) agcgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTCGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCa < 2:389974/100‑1 (MQ=255) gcgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAg > 1:19976/1‑100 (MQ=255) cgaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAgg > 1:394246/1‑100 (MQ=255) gaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGt > 1:1091420/1‑100 (MQ=255) gaAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGt < 1:1168870/100‑1 (MQ=255) cGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACAt > 2:1276565/1‑100 (MQ=255) tGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCa > 1:1205244/1‑100 (MQ=255) tGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCa > 2:830866/1‑100 (MQ=255) gCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCaa < 2:1517886/100‑1 (MQ=255) tGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAg > 2:1148186/1‑100 (MQ=255) gTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAgg > 1:253295/1‑100 (MQ=255) ttGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTTCTAAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGa > 2:1111727/1‑100 (MQ=255) ggtggCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGCCATCAAAGGACa > 2:1464291/1‑100 (MQ=255) ggCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTg > 1:744778/1‑100 (MQ=255) gCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTg > 2:723157/1‑99 (MQ=255) cATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGTCATCAAAGGACAGTgcg > 2:943658/1‑100 (MQ=255) ttcACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGcc > 1:1071875/3‑100 (MQ=255) tCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGcc < 2:1005453/100‑1 (MQ=255) cACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCaa > 2:113318/1‑100 (MQ=255) aCTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAg < 2:1264490/100‑1 (MQ=255) cttccgatctAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCca < 1:976905/91‑1 (MQ=255) tGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGc < 1:1148191/100‑1 (MQ=255) gCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCa > 2:985897/1‑100 (MQ=255) cTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGCCCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCa > 1:1467156/1‑100 (MQ=255) gTAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCatat > 1:461819/1‑100 (MQ=255) tAATTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAtt > 1:1440263/1‑100 (MQ=255) aaTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCcaagatcggaag > 2:976900/1‑90 (MQ=255) aTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAtttt < 1:258933/100‑1 (MQ=255) aTTAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATAtttt < 2:56560/100‑1 (MQ=255) tAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGc > 2:1542823/1‑100 (MQ=255) tAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGc > 2:151974/1‑100 (MQ=255) tAAAACGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGc > 1:1199249/1‑100 (MQ=255) aaaaCGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGcc > 1:112225/1‑100 (MQ=255) aaaCGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGccc < 1:677357/100‑1 (MQ=255) aaaCGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGccc < 1:950246/100‑1 (MQ=255) cGGTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGAt > 1:1438041/1‑100 (MQ=255) ggTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATa > 1:508188/1‑100 (MQ=255) ggTAGCTCAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATa > 1:827295/1‑100 (MQ=255) gTAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATAc < 1:1210061/100‑1 (MQ=255) tAGCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATAcc > 1:1155261/1‑100 (MQ=255) gCTTAAG‑CCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATACCCa > 2:1580384/1‑100 (MQ=255) cTTAAG‑CCCGCTGGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATACCCAt > 1:1039361/1‑100 (MQ=255) | TGTGAAAATGACGATCTGAGAAGCGATAAGCGGCGAGCGAAATCGTGCTGTTGGTGGCATCCACTTGTTTGCTGTAATTAAAACGGTAGCTTAAGCCCCGCTCGTCCTGCTGAGTATCAAAATGGCTACTGGCCCAGGTGACATCAAAGGACAGTGCGCCAAGCCACAGCATATTTTGCCCGATACCCAT > NC_000913/750798‑750987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |