| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656 | (T)7→8 | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 95.8% | 245.8 / 3.6 | 71 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base T (25/43); total (27/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
ATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAC > NC_000913/2469551‑2469740 | aTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑t > 2:1113914/1‑100 (MQ=255) tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tt > 1:1473089/1‑100 (MQ=255) ttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttt < 1:1156873/100‑1 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttt > 2:988037/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttt < 1:585720/100‑1 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑tttttttt > 2:239772/1‑99 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttt < 2:1456200/99‑1 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc < 2:736054/100‑3 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttcg < 2:1118263/100‑4 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑ttttttttc > 2:87280/1‑97 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTTTTTTTTTTTTAACATACAAAAACAATAAATCTATGCTTTTTCTt‑‑ttttttttcgt > 2:1172328/1‑95 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTg < 1:734019/100‑1 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGc < 2:1470576/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt < 1:40298/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCt < 2:745920/100‑1 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTTCGTTGCta > 2:895606/1‑100 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaa < 1:650148/100‑1 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaata < 1:216234/100‑1 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaataa > 1:1151600/1‑100 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCtaataa > 2:1148941/1‑100 (MQ=255) ggtcAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTaataat < 2:329969/96‑1 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCt < 2:767235/100‑1 (MQ=255) cAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCt < 2:1425521/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 2:1167238/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 2:1270788/100‑1 (MQ=255) ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTa > 1:1145586/1‑100 (MQ=255) ttATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTa > 2:811495/1‑100 (MQ=255) aaTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaaa < 2:1246595/100‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 2:1151595/100‑1 (MQ=255) tttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCa < 1:1507140/100‑1 (MQ=255) ttccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCaa < 2:1473081/100‑1 (MQ=255) tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAACTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 1:708136/100‑1 (MQ=255) ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt > 2:349273/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt < 1:634654/100‑1 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:1339339/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 2:109528/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 1:669970/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 1:1531707/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 1:1435981/100‑1 (MQ=255) ccATTTTTTGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:1288094/100‑1 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:931666/100‑1 (MQ=255) tttttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATTCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTa < 2:318298/100‑1 (MQ=255) tGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTAATGCTAAAAATGAATTTATATTAAc > 2:1580079/1‑98 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 1:337982/100‑1 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 2:1186753/100‑1 (MQ=255) gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt < 2:971997/100‑1 (MQ=255) gtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTACATTAACCCCACt < 1:1277478/100‑1 (MQ=255) tATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTa < 1:790475/100‑1 (MQ=255) aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 1:529145/1‑100 (MQ=255) tCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATTTTAACCCCACTa > 2:1342515/1‑97 (MQ=255) cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg < 1:890731/100‑1 (MQ=255) aTTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgt > 1:713628/1‑100 (MQ=255) ttAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtg < 1:49925/100‑1 (MQ=255) tAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAgtgn < 2:1203205/100‑2 (MQ=255) aaCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTa > 1:128940/1‑100 (MQ=255) aaCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTa > 1:128980/1‑100 (MQ=255) aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt < 1:657105/100‑1 (MQ=255) aCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTAt > 1:514111/1‑100 (MQ=255) aTGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTc < 1:258395/100‑1 (MQ=255) tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa > 1:316348/1‑100 (MQ=255) tGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCa < 1:1148946/100‑1 (MQ=255) gaaaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 1:1065979/3‑100 (MQ=255) gCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCat > 1:312014/1‑100 (MQ=255) cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 1:948486/1‑100 (MQ=255) cAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCata > 2:877864/1‑100 (MQ=255) 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1:57114/100‑1 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 1:874720/100‑1 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt > 2:1311663/1‑99 (MQ=255) tATGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTTGTTTCTAATAATATCTACTTCTAAAAATCAATTTATATTATCCTCACTAATAGTGTTTTCATATTATAttttttttt > 2:1003716/1‑98 (MQ=255) aTGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 1:507345/100‑1 (MQ=255) aTGCTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 1:1519029/100‑1 (MQ=255) cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 1:942156/99‑1 (MQ=255) cTTTTGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGa > 1:224219/1‑100 (MQ=255) ttttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:161030/100‑1 (MQ=255) ttttGCTAT‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:73281/100‑1 (MQ=255) | ATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAC > NC_000913/2469551‑2469740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |