| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689 | +A | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 92.5% | 285.1 / 17.1 | 93 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/4); new base A (37/49); total (40/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAAT > NC_000913/4235586‑4235784 | cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑g‑g < 2:532274/100‑1 (MQ=255) cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaa > 2:1444041/1‑100 (MQ=255) aTTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaaa > 1:1090257/1‑100 (MQ=255) ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaaaat < 2:840502/100‑3 (MQ=255) ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaaaat > 1:144160/1‑98 (MQ=255) ttttATCAGATCAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAAAAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaaaatac > 2:830713/1‑96 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaaaatacg < 2:1264469/100‑6 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaaaatacg > 1:1461453/1‑95 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGAt > 1:341678/1‑100 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAAATACGCAGAtt > 2:549936/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGAtt < 2:479709/100‑1 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGAtt < 2:790635/100‑1 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGAtt > 2:810634/1‑100 (MQ=255) tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAAt > 2:498894/1‑100 (MQ=255) tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAAt < 2:1367878/100‑1 (MQ=255) aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTg < 2:70340/100‑1 (MQ=255) aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTg < 2:1467754/100‑1 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCttt < 1:1527265/100‑1 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCttt < 1:894450/100‑1 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCttt < 1:162727/100‑1 (MQ=255) 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gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 2:784085/100‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGACTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt < 2:1008574/100‑1 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa < 1:893974/100‑1 (MQ=255) ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa > 2:106101/1‑100 (MQ=255) ccgatcttCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt < 2:611644/93‑1 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt > 1:148906/1‑100 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 1:1312512/1‑100 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 1:1554835/1‑100 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa > 1:297748/1‑100 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa > 1:1164196/1‑100 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa < 2:567826/100‑1 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATTGTTTTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt < 2:1514490/98‑1 (MQ=255) aaaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt > 1:1102828/1‑99 (MQ=255) aaaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg > 1:688123/1‑100 (MQ=255) 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tATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattc > 2:112469/1‑100 (MQ=255) tATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATatt > 2:681308/1‑99 (MQ=255) g‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAAt < 1:1444049/100‑1 (MQ=255) | CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAAT > NC_000913/4235586‑4235784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |