| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,530,076 | (A)7→8 | coding (155/483 nt) | ydcD → | putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,530,069 | 1 | . | A | 95.0% | 204.9 / 3.9 | 60 | coding (148/483 nt) | ydcD | putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base A (27/30); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑AAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGC > NC_000913/1529970‑1530162 | tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑g < 2:195696/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑g < 1:895278/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑g > 1:1570005/1‑100 (MQ=255) gTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑a > 1:109254/1‑100 (MQ=255) gTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑a > 2:436167/1‑100 (MQ=255) tttGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aaaaaa < 1:670324/100‑1 (MQ=255) 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2:606844/100‑1 (MQ=255) aCATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCAttt < 1:20668/100‑1 (MQ=255) cATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCAtttt < 1:194820/100‑1 (MQ=255) cATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCAtttt > 1:827712/1‑100 (MQ=255) aTAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTta > 1:449618/1‑100 (MQ=255) aaaaCACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTtata < 1:571955/100‑1 (MQ=255) aaaCACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGTGGTAATGGTCATTTTATaa > 2:1354480/1‑100 (MQ=255) aaCACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAg < 1:1345082/100‑1 (MQ=255) 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2:1569995/98‑1 (MQ=255) tGAGATATATCTTTCT‑G‑AAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTaataat < 1:518329/100‑1 (MQ=255) gaTATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTa < 2:186189/100‑1 (MQ=255) gaTATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTa > 2:1098650/1‑100 (MQ=255) gaTATATCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTa > 1:998740/1‑100 (MQ=255) tatatCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACa < 2:1467584/100‑1 (MQ=255) tatatCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACa > 2:967604/1‑100 (MQ=255) tCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGAc < 2:449617/100‑1 (MQ=255) tCTTTCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGAc < 1:617474/100‑1 (MQ=255) tttCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGc < 2:1384223/100‑1 (MQ=255) ttCT‑GAAAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATGAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGGATAATGGTTAATAATTACAGGACGc > 2:1260512/1‑99 (MQ=255) | TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑AAAAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGC > NC_000913/1529970‑1530162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |