| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,306 | (T)7→8 | intergenic (+148/‑463) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 96.2% | 183.1 / 0.4 | 53 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base T (22/29); total (23/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
ATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATT > NC_000913/1712202‑1712392 | aTCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt > 1:259584/1‑100 (MQ=255) ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCCGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttt > 2:822473/1‑100 (MQ=255) ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt > 2:869507/1‑100 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tttttttt < 1:550854/100‑2 (MQ=255) tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttttaat > 2:1027558/1‑96 (MQ=255) aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttttttaata > 2:461245/1‑95 (MQ=255) 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1:1308558/1‑100 (MQ=255) ttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAAttt < 1:1174590/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:546360/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:1487996/100‑1 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 2:84736/100‑1 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 1:362655/100‑1 (MQ=255) aaCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTat > 2:988264/1‑100 (MQ=255) gTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattc < 2:36791/100‑1 (MQ=255) 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2:675938/1‑100 (MQ=255) tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCAc > 1:186626/1‑100 (MQ=255) gCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa < 1:1172048/100‑1 (MQ=255) cGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGAt < 1:13760/100‑1 (MQ=255) atcatcAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCt > 2:1454880/1‑99 (MQ=255) tcatcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGt < 2:658839/100‑1 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCg > 1:287059/1‑100 (MQ=255) tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGc > 2:218221/1‑100 (MQ=255) 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1:1395465/1‑100 (MQ=255) cGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGc < 1:218221/100‑1 (MQ=255) gATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCaa < 1:869512/100‑1 (MQ=255) aTAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCa < 2:882173/98‑1 (MQ=255) aCCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAAt > 1:1528666/1‑100 (MQ=255) cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCATGTTGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGTAAGAAt > 2:1170077/1‑98 (MQ=255) cAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 1:1039092/1‑100 (MQ=255) aaaaTGCAGGTTAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg < 1:375774/100‑1 (MQ=255) 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1:463972/1‑100 (MQ=255) tAATTGTTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAtt < 1:1128621/100‑1 (MQ=255) | ATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATT > NC_000913/1712202‑1712392 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |