| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,360,814 | T→G | Y374S (TAC→TCC) | cadC ← | cadBA operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,360,814 | 0 | T | G | 95.7% | 297.0 / 3.2 | 93 | Y374S (TAC→TCC) | cadC | cadBA operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base G (51/37); total (54/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
GTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTG > NC_000913/4360717‑4360907 | gTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAg < 1:1510821/100‑1 (MQ=255) ttATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAgg < 2:324080/100‑1 (MQ=255) tATCTATTTCTGTGTTCAGTACTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGt > 2:968659/1‑100 (MQ=255) aTCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTa > 1:783204/1‑100 (MQ=255) aTCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTCTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAGCTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTa > 2:947470/1‑100 (MQ=255) tCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTaa > 1:366192/1‑100 (MQ=255) tCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTaa > 2:94662/1‑100 (MQ=255) tCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTATCGAGGAGGTaa > 1:1254208/1‑100 (MQ=255) tATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAAt > 1:607423/1‑100 (MQ=255) tATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAAt > 2:523175/1‑100 (MQ=255) tCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTg < 1:801604/100‑1 (MQ=255) tgtgTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTggg < 1:1298734/100‑1 (MQ=255) tgtgTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTggg > 2:396678/1‑100 (MQ=255) tgtgTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTggg < 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2:1084771/100‑1 (MQ=255) ggATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTgg < 1:396679/100‑1 (MQ=255) gATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGc < 1:220764/100‑1 (MQ=255) gTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACg > 1:1568343/1‑100 (MQ=255) ttGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACgg > 2:397064/1‑100 (MQ=255) ttGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACgg > 1:1275153/1‑100 (MQ=255) ttGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTATCGCGGCGGAAAATTCTGGGGATTATTGACTCATCTAACCTAATAATTCACTGTCAAgg > 2:1002078/1‑100 (MQ=255) tGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGt > 2:336018/1‑100 (MQ=255) agaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTc < 1:469417/100‑1 (MQ=255) agaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTc < 2:732398/100‑1 (MQ=255) agaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTCTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAACTCTGGGGATGATTAAACAATCTCACATAATAATTCACTggacag > 2:1279081/1‑92 (MQ=255) agaATGGACCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAAATCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTc < 1:1206297/100‑1 (MQ=255) gaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCa > 1:1446715/1‑100 (MQ=255) aaTGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAAGCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCaa < 2:373223/100‑1 (MQ=255) aTGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAAt < 2:241864/100‑1 (MQ=255) tGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAAt < 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cACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTa > 1:123962/1‑100 (MQ=255) cGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTatc > 1:764936/1‑100 (MQ=255) atatCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTatcat < 2:396348/100‑1 (MQ=255) tatCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTatcatc > 2:1146042/1‑100 (MQ=255) tatCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTatcatc > 2:1145998/1‑100 (MQ=255) atCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTCATCATCg < 1:833482/100‑1 (MQ=255) aaCTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGcc > 2:847337/1‑99 (MQ=255) aaCTAATGCTTTTTATGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGAGGATGATTAAACAATCTCAAATAATAATTCAATGACACGATTCAATAATTTatcataacca > 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ttttCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAaat > 1:333988/1‑100 (MQ=255) ttCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCGCTGTCACGGTTCAATGATTTCTTATCGCCATGCCGTAaatga > 2:1107056/1‑98 (MQ=255) tCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAaataat < 1:62611/100‑1 (MQ=255) ntGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATc > 1:1257322/2‑100 (MQ=255) cTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCGCACCTAATAATTCACTGGCGCGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATc > 2:862196/1‑100 (MQ=255) gCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAACTAATCAt > 1:1362227/1‑100 (MQ=255) gCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAt > 1:1378437/1‑100 (MQ=255) gCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAt > 2:1322552/1‑100 (MQ=255) ctctCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAtg > 1:1308592/1‑100 (MQ=255) ctctCGCGGAGGTAAATTATGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGTACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCa < 2:658198/98‑1 (MQ=255) tctcGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAcgt > 2:1443679/1‑100 (MQ=255) ctcGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAtgtg > 1:655139/1‑100 (MQ=255) | GTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTG > NC_000913/4360717‑4360907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |