| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 931,952 | C→T | V33V (GTG→GTA) | trxB ← | thioredoxin reductase, FAD/NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 931,952 | 0 | C | T | 95.7% | 144.7 / ‑1.6 | 46 | V33V (GTG→GTA) | trxB | thioredoxin reductase, FAD/NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (29/15); total (30/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
GGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATG > NC_000913/931863‑932051 | ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgca < 2:700046/100‑1 (MQ=255) gACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgcag < 2:1068948/100‑1 (MQ=255) aCCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgcagg < 1:1346400/100‑1 (MQ=255) cGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgcaggtt > 2:1924/1‑100 (MQ=255) ggTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgcaggttg > 1:217342/1‑100 (MQ=255) aTCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGgcgcgc > 1:981641/1‑100 (MQ=255) 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2:1432671/1‑100 (MQ=255) caggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcagc < 1:442668/100‑1 (MQ=255) caggccagTTTTCCACTTCCGGGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTGTTTCCATGCGGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcagc < 2:598197/100‑1 (MQ=255) gTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGgtg < 1:627680/100‑1 (MQ=255) gTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGgtg > 2:293647/1‑100 (MQ=255) gTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGgtg < 1:1231719/100‑1 (MQ=255) gTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCACGTAGACAGCAGCGgtg > 1:932476/1‑100 (MQ=255) tCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCccgccg < 2:750668/100‑1 (MQ=255) 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2:682394/1‑100 (MQ=255) aGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCCGCGGTGTCTCCCGCCGGGCCTGacacaaggc > 1:1081362/1‑92 (MQ=255) gTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGAt > 2:1178268/1‑100 (MQ=255) ggCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAg > 1:1257383/1‑100 (MQ=255) gccgccTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGc > 1:837441/1‑100 (MQ=255) ccgccTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCa > 2:1295679/1‑100 (MQ=255) ttttCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTAc < 2:217342/100‑1 (MQ=255) tttCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACt > 1:289892/1‑100 (MQ=255) 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1:1257447/1‑100 (MQ=255) ccGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTgg < 2:1281555/100‑1 (MQ=255) tCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGcc < 1:1924/100‑1 (MQ=255) cacaGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATg < 1:437846/100‑1 (MQ=255) | GGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATG > NC_000913/931863‑932051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |