| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,207,981 | G→A | A161T (GCC→ACC) | stfP → | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,207,981 | 0 | G | A | 95.2% | 188.0 / 0.8 | 64 | A161T (GCC→ACC) | stfP | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (26/34); total (28/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
AATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACGG > NC_000913/1207886‑1208076 | aaTGAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCtg < 2:93694/100‑1 (MQ=255) aGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGtt < 1:1207227/100‑1 (MQ=255) gTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGCATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTg > 2:1134434/1‑100 (MQ=255) tAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGc < 2:1509192/100‑1 (MQ=255) tCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCTTCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgt < 2:621296/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgttg < 2:1330302/100‑1 (MQ=255) 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1:999762/1‑100 (MQ=255) ggggTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAAt < 1:327245/100‑1 (MQ=255) gggTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAAtt < 2:1220340/100‑1 (MQ=255) ggTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTa < 1:1033697/100‑1 (MQ=255) gTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATTGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATTCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTAt > 1:117311/1‑100 (MQ=255) gTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTAt > 1:1321666/1‑100 (MQ=255) gTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTAt < 2:1042379/100‑1 (MQ=255) gTGGAATGCCGCAAAAGCAGCTGCCTATGGGGGGGAGGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTAt < 1:1109576/100‑1 (MQ=255) 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2:1200966/1‑100 (MQ=255) gCCTCTGGGGGGGATGGAAATACCGTTGTATTCCCGGTTGCGTGTAATAATACCTGAGTTGCTGTTTTTGCAATTTATGACAAGCTCAgcg > 2:1569964/1‑91 (MQ=255) ccTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCaa > 2:184838/1‑100 (MQ=255) ctctGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAAt < 2:999755/100‑1 (MQ=255) tctGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATg > 2:445870/1‑100 (MQ=255) tctGGGGGAGATGGAAATACAGTTGTATTCCTGGTTGCGTTTAAGAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTTAGCGCACCTATCAATg < 2:540874/100‑1 (MQ=255) gggggggATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAg > 1:64352/1‑100 (MQ=255) gggggATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTg > 1:327113/1‑100 (MQ=255) 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2:1560826/1‑100 (MQ=255) gTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGAtata > 1:652175/1‑100 (MQ=255) tGTATTCGCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTTTTGCCGTTGTTGAAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATTTATTTAGTTGCAACGGAGGGATATACa < 2:161832/100‑1 (MQ=255) ggTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCg < 2:867079/100‑1 (MQ=255) gTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGt > 1:1330430/1‑100 (MQ=255) gTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGt > 2:1044301/1‑100 (MQ=255) gTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCATTGTTGCAAATTATGAGAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGt < 2:1358128/100‑1 (MQ=255) tGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGttt < 2:1069646/100‑1 (MQ=255) 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2:1321659/100‑1 (MQ=255) taataaTGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTttatta < 2:682977/100‑1 (MQ=255) taataaTACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTttatta > 1:912030/1‑100 (MQ=255) taatACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACgg < 1:1207030/100‑1 (MQ=255) taatACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACgg < 1:636766/100‑1 (MQ=255) taatACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACgg < 1:1002245/100‑1 (MQ=255) | AATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACGG > NC_000913/1207886‑1208076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |