| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,407,859 | A→G | intergenic (‑64/‑191) | ydaM ← / → ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,407,859 | 0 | A | G | 92.6% | 155.3 / 2.6 | 54 | intergenic (‑64/‑191) | ydaM/ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base G (29/21); total (32/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
AAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATT > NC_000913/1407764‑1407955 | aaGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCa > 1:1442871/1‑99 (MQ=255) gTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGAt > 1:336250/1‑100 (MQ=255) tCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATa > 1:121764/1‑100 (MQ=255) ccAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATaa > 1:112806/1‑100 (MQ=255) cAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAAt > 1:521006/1‑100 (MQ=255) cAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAAt > 2:1040277/1‑100 (MQ=255) gggTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTc > 1:558/1‑100 (MQ=255) ggTATTGAAGTTGTGAGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACTTCTTATGGTCAGATAATTCt > 2:1399439/1‑100 (MQ=255) gTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTg < 2:148867/100‑1 (MQ=255) gAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAAt < 1:1551658/100‑1 (MQ=255) aaGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATg < 2:264628/100‑1 (MQ=255) aGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGa < 1:933414/100‑1 (MQ=255) tgtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAg > 1:359651/1‑100 (MQ=255) tgtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAg > 1:650793/1‑100 (MQ=255) gCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACg > 1:1395184/1‑100 (MQ=255) gCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACg > 2:1210140/1‑100 (MQ=255) gTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCt > 1:328930/1‑100 (MQ=255) tAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTa > 2:1511966/1‑100 (MQ=255) aaTCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTAt < 2:646229/100‑1 (MQ=255) aTCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTAtt > 2:40591/1‑100 (MQ=255) tCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTAttt < 2:501113/100‑1 (MQ=255) tCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTAttt < 2:1363048/100‑1 (MQ=255) tCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAAATAATTCTGATAATGATAGACGCTAtt < 1:532682/99‑1 (MQ=255) tCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTAAAAGAAAGAAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTAttt < 2:621939/100‑1 (MQ=255) cATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTTTTTTTTTTTTTTCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGTTATTTCTGATAATGATAGACGCTATTTa > 2:688767/1‑100 (MQ=255) cATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTa < 1:767387/100‑1 (MQ=255) cATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTa < 2:951124/100‑1 (MQ=255) aTTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTaa > 2:1265976/1‑100 (MQ=255) agctCCCGTTATTTTTATCAATTTTAGTTGCTATCTGATCGCAATAAAGACTCGTCATATGGATAGATCATTATGATAATGATAGACGCTTTTTaa > 2:1507357/4‑96 (MQ=255) agaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTAAAAGAAAAAAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACt < 2:509167/100‑1 (MQ=255) gaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAacacgt > 2:958043/1‑98 (MQ=255) aTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTc < 2:218199/100‑1 (MQ=255) tCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTca > 1:1315107/1‑100 (MQ=255) ccGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTcaca > 1:1183867/1‑100 (MQ=255) aTTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACATTTCACACGGtt > 2:1575782/1‑100 (MQ=255) aTTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGtt > 1:935493/1‑100 (MQ=255) tttATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGt > 1:676052/1‑100 (MQ=255) ttATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGta > 2:1013988/1‑100 (MQ=255) tgCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAtt < 1:1156662/100‑1 (MQ=255) tATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTg > 2:1543821/1‑100 (MQ=255) aTCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGc < 1:164980/100‑1 (MQ=255) aTCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCttttt < 1:478744/100‑1 (MQ=255) tCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTg < 1:529442/100‑1 (MQ=255) gCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTa < 2:328930/100‑1 (MQ=255) cAAAAAAGCCACGTCATATGGGCAGATAATTCTTATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTg < 2:46808/97‑1 (MQ=255) aaaaaGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTc < 2:112806/100‑1 (MQ=255) aaaaaGCCACATCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGACAGACGATATTTAATACTTCACAGAGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTc < 2:784951/100‑1 (MQ=255) aaaGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCaa > 2:323277/1‑100 (MQ=255) ccACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTa > 1:958114/1‑100 (MQ=255) aCGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGa > 1:443154/1‑100 (MQ=255) cGTCATATGGTCAGATAATTATGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTTAATTTAGa > 2:280365/1‑99 (MQ=255) tCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAg > 1:1085867/1‑100 (MQ=255) tatGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAt < 2:681003/100‑1 (MQ=255) atGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAtt > 2:1070245/1‑100 (MQ=255) | AAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATT > NC_000913/1407764‑1407955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |