| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,448,947 | A→C | T477P (ACG→CCG) | feaB → | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,448,947 | 0 | A | C | 98.2% | 189.3 / ‑3.7 | 54 | T477P (ACG→CCG) | feaB | phenylacetaldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (26/27); total (27/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
ATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTAAAAAAC > NC_000913/1448855‑1449043 | ataGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCg > 1:1105732/1‑100 (MQ=255)ataGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCg < 2:974094/100‑1 (MQ=255) gCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTg > 2:507187/1‑99 (MQ=255) gATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGAtt > 2:982595/1‑100 (MQ=255) gATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGAtt > 2:187979/1‑100 (MQ=255) tCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGAtttt < 2:937764/100‑1 (MQ=255) cGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGAtttgg < 1:1068248/100‑3 (MQ=255) cGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTg < 1:369488/100‑1 (MQ=255) gCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTgg < 2:343715/100‑1 (MQ=255) gCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTgg > 1:1192628/1‑100 (MQ=255) cTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGc < 2:613392/100‑1 (MQ=255) aCAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGcccc < 1:601470/100‑1 (MQ=255) caggcaggGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCg < 2:1192623/100‑1 (MQ=255) caggcaggGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCg > 2:526089/1‑100 (MQ=255) ggcaggGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGAc < 2:668759/100‑1 (MQ=255) gggACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGActggc > 2:499094/1‑100 (MQ=255) gggTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGtt > 2:886995/1‑99 (MQ=255) gggTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCGAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTg < 2:758223/100‑1 (MQ=255) gTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGgt > 1:1260844/1‑100 (MQ=255) tAAACTGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGgtg < 2:1205609/100‑1 (MQ=255) tAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGgtg < 2:1205439/100‑1 (MQ=255) aaCAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGtgtg < 2:571213/100‑1 (MQ=255) aaCAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGtgtg > 1:584098/1‑100 (MQ=255) gCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAAc < 2:1330214/100‑1 (MQ=255) ctaTACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACt < 1:817986/98‑1 (MQ=255) ccATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACt > 1:377398/1‑100 (MQ=255) aCCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGAACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGt > 2:878390/1‑100 (MQ=255) ccTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTc > 2:1086548/1‑100 (MQ=255) ccTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTc > 2:1359152/1‑100 (MQ=255) cTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCg > 2:1438940/1‑100 (MQ=255) aTTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAGGTCGgtgt > 1:916604/1‑100 (MQ=255) aTTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGgtgt > 2:282698/1‑100 (MQ=255) ttGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGgtgtg < 2:1413980/100‑1 (MQ=255) gACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGCTTGGTGTGAAACTAAGTCGgtgtgtg < 1:961135/100‑1 (MQ=255) aaCTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGt < 1:594138/100‑1 (MQ=255) aCTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTGGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACggga > 2:706835/1‑98 (MQ=255) gTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCt > 2:692232/1‑100 (MQ=255) gTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCt > 2:344888/1‑100 (MQ=255) gTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTCGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCt > 2:216082/1‑100 (MQ=255) ggtggGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGtt > 1:1221087/1‑100 (MQ=255) ggtggGATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGtt > 1:43517/1‑100 (MQ=255) ggATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCt < 2:625202/100‑1 (MQ=255) gATGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTc < 1:64715/100‑1 (MQ=255) tGAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCAt < 1:1158031/100‑1 (MQ=255) gAAGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATa < 2:1348305/100‑1 (MQ=255) aaGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGGCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATaa > 1:1506387/1‑100 (MQ=255) aGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGTTTCGCTCATAAg < 1:1039717/100‑1 (MQ=255) aGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAg < 1:891534/100‑1 (MQ=255) aGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAg < 1:878395/100‑1 (MQ=255) aGCAGTCAGGACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAg < 1:614892/100‑1 (MQ=255) cAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTaaaaa > 2:7758/1‑100 (MQ=255) ggACCGGGGCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTAAAAAAc < 2:1579809/100‑1 (MQ=255) ggACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTAAAAAAc > 2:67383/1‑100 (MQ=255) ggACCGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTAAAAAAc > 1:1335474/1‑100 (MQ=255) | ATAGCGATCGCTTACAGGCAGGGACGGTGTGGGTAAACAGCCATACCTTAATTGACGCTAACTTACCGTTTGGTGGGATGAAGCAGTCAGGAACGGGCCGTGATTTTGGCCCCGACTGGCTGGACGGTTGGTGTGAAACTAAGTCGGTGTGTGTACGGTATTAATCTGGTTCGCTCATAAGTAAAAAAC > NC_000913/1448855‑1449043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |