| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,360,916 | (A)6→5 | 100% | intergenic (+300/‑260) | gltD → / → gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,360,911 | 0 | A | . | 76.1% | 480.9 / 233.0 | 218 | intergenic (+295/‑265) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/28); new base . (88/78); total (112/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
ATTACTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCA > NC_000913/3360812‑3361009 | aTTACTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAAtata > 2:1414108/1‑100 (MQ=255)aTTACTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAAtata < 1:2087517/100‑1 (MQ=255) tACTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaa < 1:2516540/100‑1 (MQ=255) tACTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaa > 1:687929/1‑100 (MQ=255) tGTTATCACATCTCACAATACCCATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTATCGATATTAATATACCAAATATGAATATaaaaacc < 2:1649181/100‑3 (MQ=255) tGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaaaacc > 1:2586930/1‑98 (MQ=255) gTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaaaacca > 1:2897069/1‑97 (MQ=255) ttAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGATAATCAGTCTTTTCATTCAATGTAAATCATAACAATAATAATATAAAAAATATAAATATAAAAAACCa > 1:2427293/1‑100 (MQ=255) tAACACCTCTGACACTACCGATTCTGCACGCTATTCAGTCCTTTCTTTCCATGTAAATAGTCTCGATATTAATATACAAAATTTAAATATaaaaagcaat > 2:1391303/1‑95 (MQ=255) tAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaaaaccatt < 1:2826100/100‑6 (MQ=255) tAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAat > 2:1090537/1‑100 (MQ=255) tAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAat > 2:1317666/1‑100 (MQ=255) tAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAat > 2:1503002/1‑100 (MQ=255) aaCACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAata < 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tGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATcc < 2:2304596/100‑1 (MQ=255) aaTATCGATTCTGCAATCTATTCAGTTTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAA‑AAAAAAAAAAAAAACCAATATATTATCCTTaa < 2:915617/100‑1 (MQ=255) aTACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTaa > 1:3911609/1‑100 (MQ=255) tACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAAtt > 1:398015/1‑100 (MQ=255) cGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATc < 1:3342935/100‑1 (MQ=255) gATTCTGCATGCTATCCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATGGTCTCGATATTAATATACACACTATAAATAT‑AAAAACCAATAtattattc > 2:2352831/1‑88 (MQ=255) gATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCTTTAATTATc > 2:3614838/1‑99 (MQ=255) gATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCt > 2:3177595/1‑100 (MQ=255) gATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCt > 2:3349744/1‑100 (MQ=255) aTTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCt < 2:633117/100‑1 (MQ=255) ttCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCtat < 1:1759816/100‑1 (MQ=255) cTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCtata < 1:1316337/100‑1 (MQ=255) ttccgatcttCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCtatata < 1:1737182/92‑1 (MQ=255) gCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTatatat < 1:3881830/100‑1 (MQ=255) gCAAGCTATTCAGGCTTTTCATTCCATGTAAGTTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTatatat > 1:2803657/1‑100 (MQ=255) cAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATAtt > 1:1606014/1‑100 (MQ=255) aacatATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATAttt < 2:521272/96‑1 (MQ=255) aaGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATAttt > 1:410125/1‑100 (MQ=255) aGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACAAATATATTATCCTTAATTATCTATATAtt > 2:4151454/1‑99 (MQ=255) tATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTcc < 1:1889912/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCt < 2:3413970/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTCTTTACATTCCATGTAAATTATCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTcc < 2:1281670/98‑1 (MQ=255) aTTAAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTa < 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aaaTTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATg < 1:513366/100‑1 (MQ=255) aaTTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATg < 1:7246/100‑1 (MQ=255) aTTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGt < 1:1051428/100‑1 (MQ=255) aTTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGt < 1:2255633/100‑1 (MQ=255) cgTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAAt < 1:3246807/99‑1 (MQ=255) tctcGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGa > 2:3685298/1‑100 (MQ=255) tcGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGaat < 2:2855666/100‑1 (MQ=255) tcGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGaat < 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aaTAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCTCAAATATTCATGTAATTAATAATTATCACCACAAACCACCTCa > 2:758855/1‑100 (MQ=255) aaTAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCa > 2:705672/1‑100 (MQ=255) atatAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCa > 1:1361630/1‑100 (MQ=255) atatAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCa > 2:2102767/1‑100 (MQ=255) taAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCa > 1:2219336/1‑100 (MQ=255) | ATTACTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCA > NC_000913/3360812‑3361009 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |