| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,518 | (C)6→5 | 100% | intergenic (+360/‑251) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,513 | 0 | C | . | 97.0% | 583.2 / 8.0 | 132 | intergenic (+355/‑256) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base . (69/59); total (71/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCACCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCA > NC_000913/1712414‑1712608 | ttttGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAGCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAc < 2:1543563/98‑1 (MQ=255)tatTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAc > 1:578954/1‑100 (MQ=255) ttGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcc < 1:1474883/99‑1 (MQ=255) gACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAccccc > 2:679050/1‑100 (MQ=255) gACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAccccc > 1:3690877/1‑100 (MQ=255) gACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAccccc > 1:2158690/1‑100 (MQ=255) cTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTTTTTTTTTTTACTCTCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCATAACATATCGCCGTTAAGCCATCAccccctct > 2:1065431/1‑97 (MQ=255) aCAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAGACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTca > 1:3244157/1‑100 (MQ=255) aCAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAccccctctc > 1:2415413/1‑95 (MQ=255) cAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTca > 2:930391/1‑99 (MQ=255) aaaaCATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTTGACTATCTCACTAGTCAAAACGCTAAATCCCAGAACATATCGCCTTCAATCCATCA‑CCCCCTCTcaat > 2:2931701/1‑98 (MQ=255) aaCATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTcagtgc < 1:1690761/100‑1 (MQ=255) aaCATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTcagtgc > 2:3701425/1‑100 (MQ=255) aaCATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTcagtgc < 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cAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTAc > 2:521795/1‑100 (MQ=255) cAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTAc > 1:2756956/1‑100 (MQ=255) aGAATCTTGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACg < 2:3893500/100‑1 (MQ=255) aGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACg > 2:756141/1‑100 (MQ=255) aGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACg < 1:2514163/100‑1 (MQ=255) aaCTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAAAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGTCGATACGttt > 2:2235578/1‑100 (MQ=255) tGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGtttttt < 1:3379936/100‑1 (MQ=255) tGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATC‑TTCCCCTCTCAAAAAAAAAAAAAAATCTGCCGTTACGtttttt < 2:294178/100‑1 (MQ=255) ggACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTg > 1:1919385/1‑100 (MQ=255) ggACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTg > 2:1739407/1‑100 (MQ=255) ggACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTg < 2:3200527/100‑1 (MQ=255) gACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTg > 2:3802745/1‑99 (MQ=255) aCTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTg < 2:2195434/98‑1 (MQ=255) aCTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGaa < 2:1836896/100‑1 (MQ=255) tctcACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCA‑CCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAAt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |