| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656:1 | (T)7→8 | 100% | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 98.9% | 636.9 / ‑0.8 | 188 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base T (77/109); total (79/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743 | aaTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTa < 1:719035/100‑1 (MQ=255)aaTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTa > 1:312722/1‑100 (MQ=255) aTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAATTATACTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTa < 2:2820702/99‑1 (MQ=255) tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tt > 2:3386058/1‑100 (MQ=255) tttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt > 1:1078740/1‑100 (MQ=255) ttGCATCATTATATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATCCACAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttt < 2:2746343/100‑1 (MQ=255) tGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttttt > 2:3141100/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttt > 2:2865338/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttt > 1:880681/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttt > 1:2939665/1‑100 (MQ=255) catcatTCTATCGAGAGTCAATAGTTATAATTTCCCTTCCATTGTTGGTGCATTTTTTACTATGCAATTTCAATATATCCATCCTTTTGCTA‑ttttttt < 2:3885642/99‑1 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttttttt > 1:3808540/1‑99 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttttttt > 1:3379498/1‑99 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcg > 1:645293/1‑97 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttttttttcgtt < 2:571365/100‑6 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTg > 1:1124498/1‑100 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGc > 2:1549008/1‑100 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGc < 1:1759531/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCt < 2:880676/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCt < 1:692670/100‑1 (MQ=255) tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCta < 2:116210/100‑1 (MQ=255) tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttttttttcgttgc > 1:278840/1‑91 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCtaa > 2:608926/1‑100 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCtaa > 2:2633748/1‑100 (MQ=255) tCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCtaat < 2:588535/100‑1 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCtaat > 2:1707219/1‑99 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCtagatc > 1:574416/1‑96 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCtaataa > 1:4034270/1‑100 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTaataat < 1:1387576/100‑1 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTaataat > 2:2056753/1‑100 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTaataat > 2:490311/1‑100 (MQ=255) gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAataata < 1:620672/100‑1 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATc < 1:2241607/100‑1 (MQ=255) aaTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTAc < 1:2611366/100‑1 (MQ=255) aaTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTAc < 1:3421801/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 1:3356910/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 2:1765870/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 1:3717217/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 1:1266699/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACt < 1:2232409/100‑1 (MQ=255) tAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTg < 1:763339/100‑1 (MQ=255) aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGc > 1:1712939/1‑100 (MQ=255) tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaa > 1:477474/1‑100 (MQ=255) taATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa > 1:91800/1‑100 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 2:2213976/100‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 1:1165782/100‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 1:165380/100‑1 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:3622381/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:3904469/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACGGCTAAAAATCAAttt > 1:4114216/1‑100 (MQ=255) tttcATTTTTGGTGTATTTATTAACATGCAAAAACAATAAAACTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt < 2:1084433/96‑1 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 1:1960356/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 2:3607442/100‑1 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 1:1697899/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTAATAAAAATGAAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 2:1323762/100‑1 (MQ=255) tccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat > 1:3517569/1‑100 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:3004329/100‑1 (MQ=255) cATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTatat > 1:2901015/1‑100 (MQ=255) ttttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAATTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTaa < 1:240633/100‑1 (MQ=255) ttttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTaa < 1:2311798/100‑1 (MQ=255) ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 2:706814/100‑1 (MQ=255) ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc > 1:3344747/1‑100 (MQ=255) ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 1:2202814/100‑1 (MQ=255) tGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 2:3861051/99‑1 (MQ=255) gtttATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 1:3658586/96‑1 (MQ=255) aTTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTaa > 1:602825/1‑100 (MQ=255) 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ttttGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGTTAAAAATCAATTTATATTAATCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:3790352/100‑1 (MQ=255) ttttGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 1:4160417/100‑1 (MQ=255) ttttGATATTTTTTTTCGTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:3068267/100‑1 (MQ=255) tGCTATTTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca > 1:2643978/1‑100 (MQ=255) | AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |