| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689:1 | +A | 100% | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 92.9% | 621.1 / 37.5 | 198 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/6); new base A (91/93); total (99/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑A‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 | cGGCATTTTTTTATCAGATGAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCgg > 1:1008601/1‑100 (MQ=255)cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCgg < 2:942822/100‑1 (MQ=255)cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCgg > 1:2469499/1‑100 (MQ=255) gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑a‑a < 2:2548021/100‑1 (MQ=255) gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGAAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑a‑a > 1:3956846/1‑100 (MQ=255) aTTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑a‑a‑aa > 1:3381360/1‑100 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATAACAG‑a‑a‑aaa < 2:1089378/100‑2 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCACTAGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAACATAGCTTATTAATCGTTGTTTCTTTCggca > 2:563770/1‑95 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑a‑a‑aaata > 2:901553/1‑97 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑a‑a‑aaata > 1:278389/1‑97 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑a‑a‑aaatacg > 2:2617882/1‑95 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGc > 1:1614054/1‑100 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCa < 1:528234/100‑1 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAg > 2:3330853/1‑100 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAg > 2:10958/1‑100 (MQ=255) tCAGATAAATCCCCTTGACTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTATAATAGATTTTTAATAGTAGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑AACGCAGa > 2:2920409/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGAtt < 2:3996127/100‑1 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGAt > 2:1495828/1‑99 (MQ=255) gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTa > 1:3119702/1‑100 (MQ=255) gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTa > 2:1786912/1‑100 (MQ=255) 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tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCTGATTAATTGCTTTTGtt < 1:97770/100‑1 (MQ=255) tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt < 2:2577003/100‑1 (MQ=255) tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt < 1:443272/100‑1 (MQ=255) tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt < 2:3965654/100‑1 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGATTTTGttttt > 2:3892735/1‑100 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 2:2066299/1‑99 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta > 1:1501969/1‑100 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta < 1:4165824/100‑1 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta < 1:84374/100‑1 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGGCATGTTAATCCTAACATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGG‑AGA‑AA‑TACGCAGATTAATTACCTTTGttttt > 2:1667703/1‑99 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATGGCTTTTGTttttag < 2:3827377/99‑2 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta < 1:2320781/100‑1 (MQ=255) aaCGTAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt < 2:167789/100‑1 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt < 1:1750080/100‑1 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt < 1:957210/100‑1 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 2:4022441/1‑100 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 1:348285/1‑100 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt < 1:194472/100‑1 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt > 1:3841997/1‑100 (MQ=255) aaaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATg < 2:3212759/100‑1 (MQ=255) tCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAA‑A‑AA‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtt > 2:357399/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |