| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,349,085:1 | +C | 100% | intergenic (‑341/+230) | dcuB ← / ← dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,349,082 | 1 | . | C | 69.2% | 506.4 / 276.0 | 224 | intergenic (‑338/+233) | dcuB/dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (39/30); new base C (81/72); total (121/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
GATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTA‑CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGA > NC_000913/4348984‑4349180 | tGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTA‑ccc < 1:2590679/100‑1 (MQ=255) tGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTA‑ccc > 1:635940/1‑100 (MQ=255) ttAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTACTCTGATCTA‑cccca < 1:1386539/100‑3 (MQ=255) ttAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTA‑cccca < 2:1220600/100‑3 (MQ=255) aaTGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTCATTAGGTTTATTGATTAATTTGATCTA‑ctgtatt > 2:2571176/1‑94 (MQ=255) aTGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTA‑ccccattt > 1:2085833/1‑95 (MQ=255) 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1:1827471/1‑100 (MQ=255) tatTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTA‑CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTg < 1:1817374/100‑1 (MQ=255) atTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTg > 1:2978729/1‑100 (MQ=255) atTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTA‑CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGa < 1:1361766/100‑1 (MQ=255) ttATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGAc < 2:3073126/100‑1 (MQ=255) ttATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGAc < 1:2935185/100‑1 (MQ=255) tATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTA‑CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACat < 1:951201/100‑1 (MQ=255) ggTCTATTTTTTTTTTTTTTTTCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCCATTTGTGGGTATAAATACACATAATGCGGGTGACattat > 2:2018645/1‑100 (MQ=255) 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cTGATCTA‑CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTg > 2:2372764/1‑100 (MQ=255) tGATCTA‑CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGa < 1:53292/100‑1 (MQ=255) gATCTACCCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGa < 2:2165998/100‑1 (MQ=255) cTA‑CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAagag < 2:2889328/100‑1 (MQ=255) | GATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTA‑CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGA > NC_000913/4348984‑4349180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |