| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,530,076:1 | (A)7→8 | 100% | coding (155/483 nt) | ydcD → | putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,530,069 | 1 | . | A | 95.8% | 474.5 / 12.1 | 142 | coding (148/483 nt) | ydcD | putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base A (78/58); total (80/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGC > NC_000913/1529970‑1530162 | tATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aa‑aa > 1:3663804/1‑100 (MQ=255) aTTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGAACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aa‑aaa > 2:2656829/1‑100 (MQ=255) ttgttgTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAACCACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aa‑aaaa > 2:141364/1‑99 (MQ=255) tgttgtTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aa‑aaaaaa > 2:1992623/1‑99 (MQ=255) tgttgtTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aa‑aaaaaa > 1:3313593/1‑99 (MQ=255) ttgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aa‑aaaaaata < 2:1622887/100‑4 (MQ=255) tgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aa‑aaaaaatat < 1:2669/100‑5 (MQ=255) tgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aa‑aaaaaatat > 2:439905/1‑96 (MQ=255) gttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑aa‑aaaaaatatt > 1:867548/1‑95 (MQ=255) aCCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATAttattt > 1:3763221/1‑100 (MQ=255) ccTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATAttattta > 1:2389676/1‑100 (MQ=255) tGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATaa > 1:3244691/1‑100 (MQ=255) ggTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATaaaa < 1:2436654/100‑1 (MQ=255) 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> 2:1865466/1‑100 (MQ=255) cTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATta < 1:3198952/100‑1 (MQ=255) tGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATtag < 1:3496487/100‑1 (MQ=255) tGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATtag > 2:3055271/1‑100 (MQ=255) ctctttggtgttttATGTCCATAAAATACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATtag > 2:662259/11‑100 (MQ=25) aCATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCaaaaaaagatcg > 1:440224/1‑94 (MQ=255) catcatATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTTAGATATATCTCTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATtagtag > 2:847001/1‑100 (MQ=255) aTCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTaga > 2:1639494/1‑100 (MQ=255) 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atatTTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAg < 2:2242070/100‑1 (MQ=255) atatCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACa < 1:4038512/99‑1 (MQ=255) atatCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAg < 1:955248/100‑1 (MQ=255) atatCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAg < 1:1237477/100‑1 (MQ=255) tatCTTTCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAAT‑ATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGa > 2:2796653/1‑100 (MQ=255) tttCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGCAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGc > 1:56337/1‑100 (MQ=255) ttCT‑GAAA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTATTAGTAGGAATTGTTATTTTAAAAGTATAATAGTTAATAATTACAGGACg > 2:3653887/1‑98 (MQ=255) | TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGC > NC_000913/1529970‑1530162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |