| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,306:1 | (T)7→8 | 100% | intergenic (+148/‑463) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 94.8% | 310.8 / 9.8 | 97 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base T (40/52); total (42/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712200‑1712393 | ttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTg < 2:2056826/100‑1 (MQ=255)ttATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTg < 1:1594180/100‑1 (MQ=255) tCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttt > 1:3200548/1‑100 (MQ=255) ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCATGTAATCCGTTTGCGGGTAACCAAAAAGGCAGGTTAATTG‑tttt > 2:1385239/1‑100 (MQ=255) ctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt‑tt > 2:1049740/1‑100 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt‑ttt > 1:3636514/1‑99 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt‑ttt < 2:1092596/100‑2 (MQ=255) ttAATACATCTTTTTTACGTCAATGAGGCCATTGCTTAGCTTTATCATCAGGTAATCTGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGGTAATTG‑ttttt‑ttt < 2:360212/98‑2 (MQ=255) ttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt‑tttaa < 1:2325260/100‑4 (MQ=255) tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCATGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt‑tttaat < 2:1618387/100‑5 (MQ=255) tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt‑tttaat < 1:2013198/100‑5 (MQ=255) aaaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCTTTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGACAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt‑tttaat < 2:2500313/99‑5 (MQ=255) aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttttt‑tttaata > 1:3490414/1‑95 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAg > 1:1614513/1‑100 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAg > 2:3600709/1‑100 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAg < 1:3436756/100‑1 (MQ=255) cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCg > 2:3409125/1‑99 (MQ=255) cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGa > 1:2298442/1‑100 (MQ=255) aTCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGaa > 1:4122234/1‑100 (MQ=255) tCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGaaa < 2:3258516/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTc < 1:1920724/100‑1 (MQ=255) tAACGTCATTGATGCCATTGCTTAGCTTTATCACCGCGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCATGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTc < 2:1299560/99‑1 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCGTCAGGTGATTCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCt < 2:2924720/100‑1 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCt > 2:441306/1‑100 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCt < 1:2341165/100‑1 (MQ=255) aaCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCTAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCt < 2:2272692/99‑1 (MQ=255) aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTat > 1:430052/1‑100 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTatt < 1:2276882/100‑1 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTatt < 1:3161677/100‑1 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTatt > 1:969919/1‑100 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTatt > 1:2943383/1‑100 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTatt < 2:2808582/100‑1 (MQ=255) cAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTattcat > 1:1247195/1‑100 (MQ=255) aaTGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTattcatt < 2:1248556/100‑1 (MQ=255) atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTattcattc > 1:4026529/1‑100 (MQ=255) tgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCg < 2:3577366/100‑1 (MQ=255) tgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCg < 1:1664240/100‑1 (MQ=255) gatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt < 2:1619701/100‑1 (MQ=255) gatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt < 1:1009484/100‑1 (MQ=255) atgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGAGGATAAACAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTg < 2:1462735/100‑1 (MQ=255) tgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGa > 2:1807140/1‑100 (MQ=255) tgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGa < 1:2235533/100‑1 (MQ=255) gCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGAt > 1:72102/1‑100 (MQ=255) gCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGAt < 2:2643588/100‑1 (MQ=255) gCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGAt < 2:2978901/100‑1 (MQ=255) gCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGAt < 1:3075010/100‑1 (MQ=255) aTTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCaa < 1:750795/100‑1 (MQ=255) gattAGCTTTATCATCAGGTAATCCGTTTGGTGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt < 2:4165235/98‑1 (MQ=255) 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tAATTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAtt < 1:1967310/100‑1 (MQ=255) tAATTG‑TTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt < 1:3987073/100‑1 (MQ=255) aaTTGTTTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt < 2:442897/100‑1 (MQ=255) | TTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTTTT‑TT‑AATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712200‑1712393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |