| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1843724 = | NA (NA) | 8 (0.060) | 6/164 | NT | NA | noncoding (1/93 nt) | REP131 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP131 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 1843750 = | NA (NA) | noncoding (27/93 nt) | REP131 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP131 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GAAGGTGAGCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGTAGGCCGGGCAAGCGCAGCGCCCCCGGCAAAATTT > NC_000913/1843625‑1843823 | tccgttaaatactcataaacgcctgaaattttgccgggggcgctgcgcttgcccggcctacattagagcgtaactgcaatgaattgtgcccatttgtagg > 1:783767‑M1/100‑100 (MQ=255)tccgttaaatactcataaacgcctgaaattttgccgggggcgctgcgcttgcccggcctacattagagcgtaactgcaatgaattgtgcccatttgtagg > 1:1897093‑M1/100‑100 (MQ=255)tccgttaaatactcataaacgcctgaaattttgccggaggcgctgcgcttgcccggcctacattagagcgtaactgcaatgaattgtgcccatttgtagg < 2:2234874‑M1/1‑1 (MQ=255)gAAGGTGAGCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATg > 2:25749/1‑100 (MQ=255)gAAGGTGAGCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATg < 1:185543/100‑1 (MQ=255) aGGTGAGCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGGCGGTTCTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATGTAAGTTGTAAATGcc > 2:1556234/1‑100 (MQ=255) gttaaatactcataaacgcctgaaattttgccgggggcgctgcgcttgcccggcctacattagagcgtaactgcaatgaattgtgcccatttgtagGCCt > 1:1990166‑M1/97‑100 (MQ=255) ggTGAGCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCt > 2:2604392/1‑100 (MQ=255) gTGAGCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTg < 2:1782360/100‑1 (MQ=255) gTGAGCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTg < 1:3265720/100‑1 (MQ=255) gCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATgg > 1:2190277/1‑100 (MQ=255) gCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATgg > 1:3142113/1‑100 (MQ=255) cAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGgc < 2:4141587/100‑1 (MQ=255) aaaCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGgcg < 1:89775/100‑1 (MQ=255) aaaCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGgcg > 1:3892424/1‑100 (MQ=255) aaCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGgcgc > 2:4038854/1‑100 (MQ=255) ccAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTa > 1:3676183/1‑100 (MQ=255) ccAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGCTGTAAATGCCTGATGGCGCTa > 2:2703467/1‑100 (MQ=255) aCTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGc < 1:1407673/100‑1 (MQ=255) cTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTAc < 2:1279710/97‑1 (MQ=255) cTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCt < 2:3892394/100‑1 (MQ=255) tACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCtt > 1:3722442/1‑100 (MQ=255) aCGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTa > 1:29894/1‑100 (MQ=255) gTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATc < 2:855598/100‑1 (MQ=255) tGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCa > 1:1725409/1‑100 (MQ=255) tGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGCTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCCACGCTTATCa > 2:2738980/1‑100 (MQ=255) aGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGc > 1:3540043/1‑100 (MQ=255) gggCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGcc < 1:170698/100‑1 (MQ=255) gggCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGc < 2:1707924/99‑1 (MQ=255) aattttgccgggggcgctgcgcttgcccggcctacattagagcgtaactgcaatgaattgtgcccatttgtagGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGcc > 1:4158566‑M1/74‑100 (MQ=255) attttgctgggcgcgctgcgcttgcccggcctacattagagcgtaactgcaatgacttgtgcccatttgtagGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCt > 2:3649140‑M1/73‑100 (MQ=255) attttgccgggggcgctgcgcttgcccggcctacattagagcgtaactgcaatgaattgtgcccatttgtagGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCt > 1:1677065‑M1/73‑100 (MQ=255) gcgcGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 2:2162872/100‑1 (MQ=255) gcgcGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 2:540533/100‑1 (MQ=255) gcgcGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTa > 1:3501290/1‑100 (MQ=255) tttgccgggggcgctgcgcttgcccggcctacattagagcgtaactgcaatgaattgtgcccatttgtagGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTAc > 1:4027574‑M1/71‑100 (MQ=255) cgcgAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTAc > 1:1045702/1‑100 (MQ=255) cgcgAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTAc < 2:603186/100‑1 (MQ=255) cgcgAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTAc > 1:557201/1‑100 (MQ=255) cccgATCATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGAGGCGATGCGGGCGCAGGGTGTGATTTAAGCGGTAAATGCGTGATGGCGCTACGCTTATCAGGccca < 2:1958947/97‑3 (MQ=255) gcgAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACa < 2:367129/100‑1 (MQ=255) gcgAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACa < 1:897888/100‑1 (MQ=255) cgAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACaa > 2:1128218/1‑100 (MQ=255) cgAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACaa > 2:1213945/1‑100 (MQ=255) cgAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACaa > 1:2715215/1‑100 (MQ=255) gAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACaaa > 1:2549677/1‑100 (MQ=255) aaCATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAAt < 2:2869712/100‑1 (MQ=255) ttGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGc < 2:3222810/100‑1 (MQ=255) ttGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGc < 1:2059641/100‑1 (MQ=255) ttGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGc < 1:1806119/100‑1 (MQ=255) ttGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGc > 2:3380206/1‑100 (MQ=255) ttGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGc > 1:3381782/1‑100 (MQ=255) tGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGca > 1:3880202/1‑100 (MQ=255) gCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGcac > 1:1245668/1‑100 (MQ=255) cGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACaa > 2:2373480/1‑100 (MQ=255) gTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGGTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAAtt < 1:2447993/100‑1 (MQ=255) ttttGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGAGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTc < 1:307994/100‑1 (MQ=255) tgtgGAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGGGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCAt < 2:3468576/99‑1 (MQ=255) tgtgAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCAtt > 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aGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGt > 2:702378/1‑100 (MQ=255) aGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGt > 1:818918/1‑100 (MQ=255) aGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGt < 1:2642266/100‑1 (MQ=255) ggTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGtt < 1:1402380/100‑1 (MQ=255) gTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTATGCTTATCAGGCCTAAAAATGGGCACAATTCATTGCAGtt > 2:3137168/1‑99 (MQ=255) ttGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTAc < 2:1083159/100‑1 (MQ=255) gatgcTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCGTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGt > 1:2947240/1‑100 (MQ=255) gatgcTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGt < 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aGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGTAGGCCGGGCAAGCGCAGCGCCccc > 2:1045698‑M2/1‑97 (MQ=255) aGTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGTAGGCCGGGCAAGCGCAGCGCCccc < 2:2456507‑M2/100‑4 (MQ=255) gTTGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGTAGGCCGGGCAAGCGCAGCGCCcccg > 2:513029‑M2/1‑96 (MQ=255) ttGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGTAGGCCGGGCAAGCGCAGCGCCcccgg > 2:1452796‑M2/1‑95 (MQ=255) ttGTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGTAGGCCGGGCAAGCGCAGCGCCcccgg > 1:500162‑M2/1‑95 (MQ=255) gTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGTAGGCCGGGCAAGCGCAGCGCCcccggc < 2:838576‑M2/99‑7 (MQ=255) gTAAATGCCTGATGGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAAATGGGCACAATTCATTGCAGTTACGCTCTAATGTAGGCCGGGCAAGCGCAGCGCCCCCGGCa > 1:54425/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |