| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,410,649 | A→G | 19.8% | I124V (ATC→GTC) | dusB → | tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,410,649 | 0 | A | G | 19.8% | 341.6 / 87.1 | 179 | I124V (ATC→GTC) | dusB | tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/72); new base G (18/17); total (88/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CCCAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGTAACTGCGAAGAGATTGCCCAA > NC_000913/3410551‑3410747 | cccAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAATAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGAt < 2:2803056/100‑1 (MQ=255)cccAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGAt < 1:1046253/100‑1 (MQ=255) ccAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTACAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATc > 2:3077834/1‑100 (MQ=255) ccAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATc > 2:3131393/1‑100 (MQ=255) cAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATcc > 2:2661801/1‑100 (MQ=255) cAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATcc < 1:136355/100‑1 (MQ=255) ttattGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTAc < 1:2243901/100‑1 (MQ=255) tattGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTAcc < 1:1636669/100‑1 (MQ=255) tattGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTAcc < 1:3103700/100‑1 (MQ=255) attGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCg < 2:2874499/100‑1 (MQ=255) tGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGAAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAg > 2:411848/1‑100 (MQ=255) gATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAgg > 2:1990540/1‑100 (MQ=255) gATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAgg > 2:699067/1‑100 (MQ=255) atatCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGgt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |