| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,466,858 | G→C | 16.1% | A45G (GCC→GGC) | bfd ← | bacterioferritin‑associated ferredoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,466,858 | 0 | G | C | 16.1% | 521.7 / 76.1 | 190 | A45G (GCC→GGC) | bfd | bacterioferritin‑associated ferredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/85); new base C (15/16); total (89/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
TAGAACGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAATTGCTGGAACGAGTGAGGGGAAAACTGGCGCACAGCCTGACGAATTTTTT > NC_000913/3466759‑3466957 | ggAACGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGc > 1:1680478/2‑100 (MQ=255) aGAACGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATTCTGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGc < 2:2618704/100‑1 (MQ=255) aGAACGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGc > 2:2711666/1‑100 (MQ=255) aGAACGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCAGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCgg > 2:1442405/1‑99 (MQ=255) aCGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCg < 1:503015/100‑1 (MQ=255) cGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCgg < 1:2843091/100‑1 (MQ=255) 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1:3208873/100‑1 (MQ=255) acacTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCg < 1:264625/100‑1 (MQ=255) acTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGAc < 2:73803/100‑1 (MQ=255) cTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGAc > 2:1185312/1‑99 (MQ=255) tCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCg > 1:1057732/1‑100 (MQ=255) cGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGa > 1:1350373/1‑100 (MQ=255) tttATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAAt < 1:792470/100‑1 (MQ=255) tATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATaa > 2:2051614/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |