Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,648,042 | T→C | 100% | intergenic (‑254/‑486) | dinQ ← / → arsR | UV‑inducible membrane toxin, DinQ‑AgrB type I toxin‑antitoxin system/arsenical resistance operon transcriptional repressor; autorepressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,648,042 | 0 | T | C | 99.0% | 663.4 / ‑3.8 | 191 | intergenic (‑254/‑486) | dinQ/arsR | UV‑inducible membrane toxin, DinQ‑AgrB type I toxin‑antitoxin system/arsenical resistance operon transcriptional repressor; autorepressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (105/82); total (106/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
ATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGG > NC_000913/3647946‑3648137 | aTGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATg < 2:3390442/100‑1 (MQ=255) tGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATgg > 1:1210053/1‑100 (MQ=255) tGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATgg > 1:3561204/1‑100 (MQ=255) gcgcATTGTCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGt < 2:1341255/100‑1 (MQ=255) gcgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATg > 1:3776850/1‑98 (MQ=255) gcgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGt < 2:3621960/100‑1 (MQ=255) gcgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGt > 2:1238600/1‑100 (MQ=255) gcgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGt > 2:1689869/1‑100 (MQ=255) cgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTa > 1:71379/1‑100 (MQ=255) cgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTa > 1:988433/1‑100 (MQ=255) cgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTa > 1:1379117/1‑100 (MQ=255) gcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTAt < 2:2456720/100‑1 (MQ=255) ncAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCAt > 1:3924431/2‑100 (MQ=255) ccAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCAt > 2:3411176/1‑100 (MQ=255) gagTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGa < 1:3673284/100‑1 (MQ=255) gTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATg < 2:170859/100‑1 (MQ=255) gTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATg < 1:3061838/100‑1 (MQ=255) gAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCg > 1:3607269/1‑100 (MQ=255) gAAAAGGCCTCAGAGCTAACCGGATAATCATACAGTACATGCGGGTTATAAAACCAGCACGTTCTTGCAATCGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGc < 2:706268/99‑1 (MQ=255) aaaaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGt > 1:1610132/1‑100 (MQ=255) aaaaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGt > 2:3290510/1‑100 (MQ=255) aaaaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGt < 2:783403/100‑1 (MQ=255) aaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGTGTTa < 1:3385148/100‑1 (MQ=255) tGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGtt < 2:1436134/97‑1 (MQ=255) gCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATCCAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAgat < 1:256074/100‑1 (MQ=255) gCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCgagacgg > 2:37419/1‑94 (MQ=255) gCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAgat < 2:1372263/100‑1 (MQ=255) ccTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAgatg > 1:532381/1‑100 (MQ=255) cTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAgatga > 1:3960973/1‑100 (MQ=255) tCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAgatgat > 2:1662451/1‑100 (MQ=255) tCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAgatgat > 2:2075086/1‑100 (MQ=255) tCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAgatgat > 1:1280579/1‑100 (MQ=255) agagCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGatgatg < 2:272820/99‑1 (MQ=255) gagCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGc > 1:1197954/1‑100 (MQ=255) tAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtc < 2:2635929/100‑1 (MQ=255) tAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtc > 1:2380059/1‑100 (MQ=255) 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1:294613/1‑100 (MQ=255) gATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTc < 2:1104605/100‑1 (MQ=255) gATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTACAGCATGGTATTAGCATTGATTCGTTAGATGATGGCTATCTCACt < 2:1618882/99‑1 (MQ=255) aaTCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAg < 2:4057433/100‑1 (MQ=255) aaTCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAg < 2:1899429/100‑1 (MQ=255) aTCATACAGTACCTGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTCGATCATGGCTATCTCACTCCact > 2:1298922/1‑98 (MQ=255) aTCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGt > 2:1962427/1‑100 (MQ=255) tCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTc < 1:797201/100‑1 (MQ=255) 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2:1453207/1‑100 (MQ=255) gCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTaa < 1:900477/100‑1 (MQ=255) cGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAACGTaaaa > 1:488964/1‑99 (MQ=255) cTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCg > 2:4164704/1‑100 (MQ=255) gCAATAGTTTCAGGATGGTATTAGCATTGATGCGTTGCAGGGTGGCTATCTCACTCCAGTCATAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAATAAACCGACg < 2:932482/100‑1 (MQ=21) gCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAACGTAAAACACCGAc > 2:1021737/1‑99 (MQ=255) aaTAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTGCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAACGTAAAACACCGACGCa > 2:3465820/1‑100 (MQ=37) aGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAg < 1:3091312/100‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |