| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,707,989 | A→G | 75.7% | intergenic (‑284/+627) | dppA ← / ← proK | dipeptide/heme ABC transporter periplasmic binding protein; dipeptide chemotaxis receptor/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,707,989 | 0 | A | G | 75.7% | 372.3 / 116.1 | 209 | intergenic (‑284/+627) | dppA/proK | dipeptide/heme ABC transporter periplasmic binding protein; dipeptide chemotaxis receptor/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/22); new base G (91/65); total (121/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
ATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAA > NC_000913/3707892‑3708087 | tgtgAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGgaa > 2:265429/1‑99 (MQ=255) gtgAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAAtt < 1:2983328/100‑1 (MQ=255) tgAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGAGTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCACAGgaa > 2:3628426/1‑97 (MQ=255) aaaaCGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGGAATTtg > 2:2600632/1‑99 (MQ=255) aaaaCGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTtgt < 2:3079065/100‑1 (MQ=255) aaCGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGGAATTTGTGc < 1:3297945/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |