| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,965,149 | A→T | 76.3% | V161E (GTG→GAG) | rhlB ← | ATP‑dependent RNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,965,149 | 0 | A | T | 76.3% | 311.1 / 85.2 | 159 | V161E (GTG→GAG) | rhlB | ATP‑dependent RNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/20); new base T (70/49); total (89/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TGAGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCACTTTCA > NC_000913/3965051‑3965248 | tGAGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTaccaccac > 2:2820999/1‑100 (MQ=255) gAGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTaccacctcc < 1:2599735/100‑1 (MQ=255) gAGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTaacacctcc > 1:846424/1‑100 (MQ=255) aGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCAcctcct < 1:3476935/100‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCAcctcct > 1:2561281/1‑100 (MQ=255) ggCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTg > 2:2442984/1‑100 (MQ=255) gcgcTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGa > 1:180974/1‑100 (MQ=255) cgcTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGaa > 1:428966/1‑100 (MQ=255) cgcTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGaa < 2:1491523/100‑1 (MQ=255) gcTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAAt > 2:4149492/1‑100 (MQ=255) gcTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAAt < 2:1360342/100‑1 (MQ=255) cTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATg > 1:1595512/1‑100 (MQ=255) cTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATg < 2:4109299/100‑1 (MQ=255) ttttttGCCGGGGGCATACGGCGGAACGGCCAGCGGATATCTTTAATACAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATg < 2:323940/96‑1 (MQ=255) tGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATgg < 1:2878522/100‑1 (MQ=255) tGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATg > 1:2300684/1‑99 (MQ=255) tGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTAAAt > 1:371182/1‑98 (MQ=255) ggTTTGTAGGCGGCATACGGCGGAACTGCCGTCGGAGGTCATTAACAAATCTTAGCTCGTGCATACAAGCGGGTGCGTCGAGTAACACTCCCTGATTgg > 2:2246653/1‑99 (MQ=255) tGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCg > 1:2643423/1‑100 (MQ=255) gCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGa < 1:331618/100‑1 (MQ=255) cAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAg > 1:2211910/1‑100 (MQ=255) ggtagcATACGGCGGAACAGCCAGTGGATATCTTTAATAAGGCGAAGGTCGTCCATGCGATCGGCTTCCTCCGGTACCACCTCCTCGATGGCACCGAgg < 2:1107313/95‑1 (MQ=255) ggcggcATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAg > 2:4034400/1‑98 (MQ=255) gcATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAt > 1:2788852/1‑100 (MQ=255) cATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATCAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTGACACCTCCTGAATGGCACCGAGGATAAtg > 1:807297/1‑100 (MQ=255) cATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtg > 2:1021641/1‑100 (MQ=255) cATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtg > 2:1996046/1‑100 (MQ=255) cATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtg < 1:1658605/100‑1 (MQ=255) cATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAAtg > 1:3670341/1‑100 (MQ=255) aTACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtgt < 2:3892661/100‑1 (MQ=255) aTACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtgt < 2:1218106/100‑1 (MQ=255) tACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtgtg < 2:4054464/100‑1 (MQ=255) tACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAAtgtg < 1:552418/100‑1 (MQ=255) aCGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATCCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGATAATGTgg > 2:1559210/1‑100 (MQ=255) cggcggAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGt > 1:2650651/1‑100 (MQ=255) gcggAACAGCCCGCGGATATCTTTAATAACGCCACGATTGTACATGCGCTCGGCTTCGTCCAGTTCCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTc < 2:3479652/100‑1 (MQ=255) cggAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCt < 1:2759128/100‑1 (MQ=255) aCAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCtt > 1:1337619/1‑100 (MQ=255) cagccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTg > 1:563613/1‑100 (MQ=255) cagccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTg < 1:2966476/100‑1 (MQ=255) cagccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTg > 2:1421567/1‑100 (MQ=255) agccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTgg < 1:3176289/100‑1 (MQ=255) gccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGc > 2:3390757/1‑100 (MQ=255) ccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCg > 1:1066187/1‑100 (MQ=255) ccagcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCg < 1:666999/100‑1 (MQ=255) agcGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTa < 1:2442999/100‑1 (MQ=255) ggATATCTTTCATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGTACTGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTc < 2:2739896/100‑1 (MQ=255) gATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCa > 1:579885/1‑100 (MQ=255) tatCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCact > 2:2533224/1‑98 (MQ=255) tCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTa < 1:2105336/100‑1 (MQ=255) tCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTa > 2:3620146/1‑100 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaa > 1:447288/1‑100 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaa > 2:242112/1‑100 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaa > 2:375085/1‑100 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaa > 1:1528105/1‑100 (MQ=255) cTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaa < 2:1845827/100‑1 (MQ=255) tttAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTACTGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaaa > 2:1789900/1‑100 (MQ=255) tttAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTaaa > 2:2080876/1‑100 (MQ=255) ttAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAAc < 2:2155445/100‑1 (MQ=255) taataaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACg > 2:572053/1‑100 (MQ=255) ataaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGCATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGcc > 1:1652013/1‑100 (MQ=255) ataaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGcc > 2:894342/1‑100 (MQ=255) ataaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGcc < 1:2067736/100‑1 (MQ=255) ataaAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGcc > 1:3690191/1‑100 (MQ=255) aaaGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGcccc > 2:3413000/1‑100 (MQ=255) gCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCgtg > 1:895361/1‑100 (MQ=255) 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1:1019548/100‑1 (MQ=255) gTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAGTTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCtt > 2:1036703/1‑100 (MQ=255) tCCAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCttt > 1:4020183/1‑100 (MQ=255) cAGTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTcc < 1:2094048/100‑1 (MQ=255) gTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAg < 2:3075185/100‑1 (MQ=255) gTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAg < 1:272134/100‑1 (MQ=255) gTACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAg > 2:1352086/1‑100 (MQ=255) tACCACCTCCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGc < 2:876306/100‑1 (MQ=255) accacctccTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCa > 2:3761292/1‑100 (MQ=255) accaccaccTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCa > 1:3193965/1‑100 (MQ=255) ccacctccTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCAc < 1:3003192/100‑1 (MQ=255) ccaccaccTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAAGGCCGCTTTCCAGCAc > 1:4106054/1‑100 (MQ=255) | TGAGGCGCTGGTTTGCAGGCGGCATACGGCGGAACAGCCAGCGGATATCTTTAATAAAGCCCAGATCGTACATGCGATCGGCTTCGTCCAGTACCACCACCTGAATGGCACCGAGGTTAATGTGGTTCTGCTTGGCGTAGTCAATTAAACGCCCCGTGGTGCCAATCAGAATGTCAACGCCGCTTTCCAGCACTTTCA > NC_000913/3965051‑3965248 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |