| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,603,361 | A→G | 16.7% | intergenic (‑503/‑116) | yjjP ← / → yjjQ | DUF1212 family inner membrane protein/putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,603,361 | 0 | A | G | 16.7% | 477.2 / 81.7 | 216 | intergenic (‑503/‑116) | yjjP/yjjQ | DUF1212 family inner membrane protein/putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (99/81); new base G (19/17); total (118/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
ATTTTAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGACAG > NC_000913/4603262‑4603460 | ttttAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGaa > 1:3093394/1‑100 (MQ=255) aaaTGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTg < 2:1866927/100‑1 (MQ=255) aaTGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGa < 2:2185600/100‑1 (MQ=255) aTGTCTGCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTCATCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGAAGCTGGTGTATGCTGATATGAAAGTGa > 2:3962892/1‑99 (MQ=255) tGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAAt > 1:3402819/1‑100 (MQ=255) ngTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAAt > 2:2113104/2‑100 (MQ=255) ctcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCt > 1:2876709/1‑100 (MQ=255) ctcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCt > 1:2071503/1‑100 (MQ=255) tcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCCTTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGa > 2:1325687/1‑94 (MQ=255) tcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTa > 2:1665228/1‑100 (MQ=255) cAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACGTGCAGTGGAGATGTTGTCCAGCAGGACTGCGCTGATATGAAAGTGAATGCTaa > 2:2834150/1‑99 (MQ=255) cAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAg > 2:3624333/1‑100 (MQ=255) ggCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGa > 2:2701740/1‑100 (MQ=255) atcTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGa < 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aGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGc < 1:3599266/100‑1 (MQ=255) aGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTATGCAGAAGAAGTATGATGATATGAACGTGAATGCTAAGGATAATTTAt > 2:2379399/1‑96 (MQ=255) ggTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCt < 2:2611810/100‑1 (MQ=255) ggTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCt > 2:3827446/1‑100 (MQ=255) ggTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCt < 1:2556736/100‑1 (MQ=255) gTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCtt < 1:3596781/100‑1 (MQ=255) gTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCtt > 2:2754741/1‑100 (MQ=255) gTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCtt < 2:1254491/100‑1 (MQ=255) tCATCTGATGCTAACCTTCCGACACATGCAGAGGAGTTGTTGAGCAGCACGAGTATGCCGATATGAAAGTGAATGCTAAGGCTAATTTATTCGCTTAATc < 1:2268851/100‑1 (MQ=255) aTTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTa > 1:581376/1‑100 (MQ=255) aTTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTa > 1:1136447/1‑100 (MQ=255) tttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAt < 2:2071492/100‑1 (MQ=255) tttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAt < 1:3233744/100‑1 (MQ=255) tttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAt < 1:2710332/100‑1 (MQ=255) ttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCATGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAtt < 2:1845645/100‑1 (MQ=255) ttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAtt < 1:3713986/100‑1 (MQ=255) ttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAtt < 2:464036/100‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCt > 1:3169957/1‑100 (MQ=255) aCCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTg < 1:1152099/100‑1 (MQ=255) ccTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTgg < 1:3922849/100‑1 (MQ=255) cTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGa > 1:738438/1‑100 (MQ=255) cTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGa < 2:1812639/100‑1 (MQ=255) gACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAt > 1:1555864/1‑100 (MQ=255) acacATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAtt < 1:3559017/100‑1 (MQ=255) acacATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAtt > 2:3453297/1‑100 (MQ=255) cacaTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAttt > 1:863938/1‑100 (MQ=255) caTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTaa > 1:4004787/1‑100 (MQ=255) caTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTaa > 1:1673883/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAg < 1:2600684/100‑1 (MQ=255) aTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAg < 1:4030216/100‑1 (MQ=255) tGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTTATATGAAAGTGAATTCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAgg < 2:2383543/100‑1 (MQ=255) tGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAgg < 1:314875/100‑1 (MQ=255) cAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaa > 2:694701/1‑100 (MQ=255) gTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaatg > 1:2883398/1‑100 (MQ=255) gAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGgaatgaat < 1:2580178/100‑1 (MQ=255) aGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAata < 1:2481355/100‑1 (MQ=255) gttgttGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAatat > 1:1305546/1‑100 (MQ=255) gttgttGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAatat > 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cagGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAAcc < 1:199946/100‑1 (MQ=255) agGGGTATGATGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTAGCTTAATTTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCGTGAATaaa < 2:347333/97‑1 (MQ=255) agGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACca < 1:2977088/100‑1 (MQ=255) ggAGTCTGCTGATATGAAAGTGAACGCTAAGGATAATTTATTCGCTTACTATATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCATGAATAAAc > 2:3295833/1‑97 (MQ=255) ggAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACcat > 1:1620288/1‑100 (MQ=255) ggAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACcat > 1:1264136/1‑100 (MQ=255) ggAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACcat < 1:440564/100‑1 (MQ=255) aGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACcatca < 1:3422800/100‑1 (MQ=255) gCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAtt > 2:511474/1‑100 (MQ=255) gCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAtt > 2:1188324/1‑100 (MQ=255) cTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAttt > 1:1735974/1‑100 (MQ=255) cTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAttt > 2:4056545/1‑100 (MQ=255) cTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAttt > 2:1087558/1‑100 (MQ=255) cTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATCTGCTGGTCACATATAAGGAATGAATATCCCGAAGAAACCATCCTAAt > 2:3572451/1‑98 (MQ=255) tGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGATGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAtttt > 2:1959374/1‑100 (MQ=255) atatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTa < 1:990440/100‑1 (MQ=255) atGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGa > 1:34124/1‑100 (MQ=255) tGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGAc > 2:2533240/1‑100 (MQ=255) tGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGAc < 2:590335/100‑1 (MQ=255) | ATTTTAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAGACAG > NC_000913/4603262‑4603460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |