| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,292,944 | T→C | 100% | intergenic (‑22/‑583) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,292,944 | 0 | T | C | 99.1% | 388.2 / ‑4.6 | 116 | intergenic (‑22/‑583) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (52/63); minor base A (0/1); total (52/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTG > NC_000913/1292848‑1293036 | cGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTgg > 1:1124335/1‑100 (MQ=255) gTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTggg < 2:1174578/100‑1 (MQ=255) tttCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTgggg < 1:3468610/100‑1 (MQ=255) ttCAAGTGTACATTCTCTTTCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTgggg < 2:3180578/99‑1 (MQ=255) ttCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCGTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGggt < 2:3633024/100‑1 (MQ=255) tCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGggtg < 1:2418878/100‑1 (MQ=255) tCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGggtg < 1:1761462/100‑1 (MQ=255) gtACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTttgt > 1:512348/1‑100 (MQ=255) gtACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTttgt < 1:3969994/100‑1 (MQ=255) tACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTttgtt > 1:2231209/1‑100 (MQ=255) cATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGa > 2:327088/1‑100 (MQ=255) ttCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAgg < 1:1077003/100‑1 (MQ=255) ttCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAgg < 2:2828686/100‑1 (MQ=255) ttCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAgg > 1:1731973/1‑100 (MQ=255) tctcTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAgg < 2:2830299/99‑1 (MQ=255) tctcTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGGGGTTTGTTGAGGt > 2:2733020/1‑100 (MQ=255) ctctTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGta > 1:1936016/1‑100 (MQ=255) ctctTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGta > 1:4051045/1‑100 (MQ=255) tctgtccTGCGCAGGAAGAGTACGGATGTTGATCAGAATTTTAAGTGCGTCGCTCATTGTAGTAATCTGAAACTTATACTGGGGTATTTTGTTGAgg < 2:2441084/92‑1 (MQ=255) ctTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATTTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGtaat < 2:2879512/100‑1 (MQ=255) ctTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGtaat > 1:2055677/1‑100 (MQ=255) ttGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGtaata < 2:1601715/100‑1 (MQ=255) nccTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTaataat > 2:3984053/2‑100 (MQ=255) ccTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAataata < 1:1694466/100‑1 (MQ=255) ccTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAataata < 2:303556/100‑1 (MQ=255) ccTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAataata < 1:2715001/100‑1 (MQ=255) ccTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAataata < 2:4053500/100‑1 (MQ=255) cTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTCATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATag > 2:1736341/1‑100 (MQ=255) gcgcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTACGTGCTTTGCTCTTTGAGGTAATCTCAAACTTATACAGGGGTGGATTGTTGAGGCAACGATaga > 1:2426342/1‑99 (MQ=255) gcgcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATagag < 2:1612260/100‑1 (MQ=255) cgcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGc > 1:1220094/1‑100 (MQ=255) cgcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAAGTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGATGGTTTGTTGAGGTAATAATagag < 2:2938752/99‑1 (MQ=255) gcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGcc < 1:1969209/100‑1 (MQ=255) gcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGcc < 2:4143034/100‑1 (MQ=255) gcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGcc < 2:1936006/100‑1 (MQ=255) gcACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACGTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGcc > 1:3974838/1‑100 (MQ=255) cACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCt < 1:2564012/100‑1 (MQ=255) cACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCt < 1:1287267/100‑1 (MQ=255) cACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATAGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCt > 2:2308294/1‑100 (MQ=255) cGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTa > 1:3210365/1‑100 (MQ=255) aaGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTaaa > 1:3483911/1‑100 (MQ=255) aaGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGAGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTaaa < 2:2866321/100‑1 (MQ=255) gagTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAAtt > 2:2908727/1‑100 (MQ=255) gTACGGATGTTGTTCAGAATTTCAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCa < 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aTGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTtgtg < 2:2454706/100‑1 (MQ=255) tgttgtTTAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGc < 2:2872485/100‑1 (MQ=255) gttgttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCa < 1:639221/100‑1 (MQ=255) gttgttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTAAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTtgtg < 1:3625400/98‑1 (MQ=255) gttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATa > 2:379819/1‑100 (MQ=255) ttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAg > 1:1261167/1‑100 (MQ=255) tCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGc > 1:1472711/1‑100 (MQ=255) tCAGAATTATACGAACTTCGCTCATTGTAATAATCTCAAACTTATACTGGTGTCGTATGTTGTGAACATAATAGAGACTTAAATTCAGTTGTGCa > 2:2902213/1‑95 (MQ=255) cAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGcc < 1:1905349/100‑1 (MQ=255) cAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGcc < 1:3426747/100‑1 (MQ=255) cAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGcc > 2:2079844/1‑100 (MQ=255) cAGAATTTTAAGTGCTTCGATCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGATTTGTTGAGGTAATAATAGAGCATTAAATTCAATTGTACAATa > 2:3796118/1‑97 (MQ=255) aaaaTTTTAAGTGCTTCTCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGTGTTGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCa < 2:491826/98‑1 (MQ=255) aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCa > 1:4098275/1‑100 (MQ=255) aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCa > 2:1003365/1‑100 (MQ=255) 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1:2244157/1‑100 (MQ=255) aTCTCAACCTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTa < 1:1039115/100‑1 (MQ=255) ctcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTCAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAtt > 2:1216940/1‑100 (MQ=255) ctcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAtt > 2:550178/1‑100 (MQ=255) tcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAttt > 2:1755317/1‑100 (MQ=255) tcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAttt < 2:4088992/100‑1 (MQ=255) tcAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAttt < 1:2117955/100‑1 (MQ=255) cAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAtttt > 1:211064/1‑100 (MQ=255) cAAACTTATACTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCATTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAt > 2:3436377/1‑97 (MQ=255) aaaCTTATACTGGGGTGGTTTGTTTATGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAttt < 2:272099/98‑1 (MQ=255) cTTATACTGGGGTTGTTTGTTGAGTTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTTTGCAATAGCATGTAATGTAAGTAATTCAAAACTGTTCTTTATTTtgtg < 2:2364726/99‑1 (MQ=255) cTTATAATGGAGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCAATAAATACAGTTGTGCAATAGACCGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTATTTATATtgt < 2:3749741/98‑1 (MQ=255) | CGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTG > NC_000913/1292848‑1293036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |