| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,688,184 | G→T | 67.0% | A65E (GCG→GAG) | fumA ← | fumarate hydratase (fumarase A), aerobic Class I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,688,184 | 0 | G | T | 67.0% | 128.6 / 115.2 | 118 | A65E (GCG→GAG) | fumA | fumarate hydratase (fumarase A), aerobic Class I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/27); new base T (33/46); total (45/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGCCCTTCAAATTC > NC_000913/1688088‑1688281 | gcgATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCg < 1:4067237/100‑1 (MQ=255)gcgATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCg < 1:1146185/100‑1 (MQ=255)gcgATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCg < 1:70750/100‑1 (MQ=255) cgATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCgg < 1:2787978/100‑1 (MQ=255) cgATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCgg < 1:2120043/100‑1 (MQ=255) aTGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGAc < 2:1494323/100‑1 (MQ=255) tGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGAc > 1:3136094/1‑99 (MQ=255) tGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACg > 1:1253898/1‑100 (MQ=255) gTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACgc > 1:1312157/1‑100 (MQ=255) gTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACgc > 2:4017367/1‑100 (MQ=255) cGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACgcag > 1:1474338/1‑100 (MQ=255) ggAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACgcagc > 1:1486048/1‑100 (MQ=255) ggAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACgcagc < 1:3558855/100‑1 (MQ=255) gAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACgcagca < 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aGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAacgacg > 1:265414/1‑100 (MQ=255) ggAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGc < 1:2988032/100‑1 (MQ=255) gAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGca < 1:3342441/100‑1 (MQ=255) aTTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCTGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGcatc < 1:360136/100‑1 (MQ=255) aTTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGcatc < 1:3497835/100‑1 (MQ=255) ttGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGcatca > 1:2708160/1‑100 (MQ=255) ttGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGcatca < 1:3681007/100‑1 (MQ=255) gCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGTATCATg < 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ccACATATTTATCATTTTCGATGGCCTCCGGGTCAAGCAGAATGTCTGACACCTGTTGTTGGTGCTCTGTACTCAGCATGAACGACGCATCATGAAACg > 2:3247529/1‑99 (MQ=255) cacaTATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGcc < 1:3329639/100‑1 (MQ=255) cacaTATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGcc < 1:2217477/100‑1 (MQ=255) caTATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTg > 1:1237313/1‑100 (MQ=255) caTATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTg > 2:2551168/1‑100 (MQ=255) tttATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGgcgc < 1:29145/100‑1 (MQ=255) ttATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGgcgcg > 1:963501/1‑100 (MQ=255) ttATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGgcgcg < 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cATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCaa > 1:253259/1‑100 (MQ=255) cATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCaa > 2:2249369/1‑100 (MQ=255) cATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCaa > 1:3483993/1‑100 (MQ=255) aTTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAAc > 1:758899/1‑100 (MQ=255) tCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACagag < 2:1484825/100‑1 (MQ=255) tCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACagag < 1:1222605/100‑1 (MQ=255) cGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGt < 1:3227145/100‑1 (MQ=255) cGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGt < 2:2846172/100‑1 (MQ=255) cGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGt < 1:968076/100‑1 (MQ=255) cTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTa < 1:2115996/100‑1 (MQ=255) cTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTa < 2:194529/100‑1 (MQ=255) ggCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAAc > 1:78096/1‑100 (MQ=255) ggCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACATGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCAGGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAAc > 2:1611543/1‑100 (MQ=255) cTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCt > 1:3330391/1‑100 (MQ=255) ccGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTc > 1:1051664/1‑100 (MQ=255) ccGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTc < 2:2708144/100‑1 (MQ=255) ccGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTc > 2:1879707/1‑100 (MQ=255) cGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACg < 2:1572422/95‑1 (MQ=255) gggTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCgg < 2:550497/100‑1 (MQ=255) ggTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCggg > 1:1939995/1‑100 (MQ=255) ggTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCggg < 1:1784862/100‑1 (MQ=255) tCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTg < 2:529241/100‑1 (MQ=255) cGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGATGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGa < 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ngCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAAtc > 1:1869997/2‑100 (MQ=255) ggCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAAtc < 2:2372948/100‑1 (MQ=255) ggCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAAtc > 2:801485/1‑100 (MQ=255) gCCACCTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAAtct > 2:407986/1‑100 (MQ=255) cACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTcc < 1:1093655/100‑1 (MQ=255) cACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCACCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTcc < 1:204454/100‑1 (MQ=255) ccTGTTGTTGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTg > 2:130274/1‑100 (MQ=255) cTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGGCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGc < 2:2629312/100‑1 (MQ=255) cTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGc < 2:452690/100‑1 (MQ=255) tgttgtTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGcc > 2:3181059/1‑100 (MQ=255) gttgttGGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCCTCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTACCGCTTCGGGTGCGACTTTCAATATCTCCTGccc < 2:2184102/100‑1 (MQ=255) ttgttgGTGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGCCCt < 2:296101/100‑1 (MQ=255) ttgttgGTGCGCCGGACGCAGCATAAACGACTCATCATGAAACGCCTGGTGCGCCAACAGATTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGccc < 2:3618994/99‑1 (MQ=255) gttgGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGCCCTTc < 1:1571821/100‑1 (MQ=255) ttgGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGCCCTTCa < 1:1438260/100‑1 (MQ=255) ggTGCTCAGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGCCCTTCaaa > 1:2186506/1‑100 (MQ=255) tGCTCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGCCCTTCAAAtt > 1:1975349/1‑100 (MQ=255) tGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGCCCTTCAAAtt > 1:2632061/1‑100 (MQ=255) gcgcCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGCCCTTCAAATTc < 2:2060945/100‑1 (MQ=255) | GCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCATTTTCGCTGGCCTCCGGGTCACGCAGAATGTCGGCCACCTGTTGTTGGTGCGCCGGACGCAGCATGAACGACGCATCATGAAACGCCTGGCGCGCCAACAGAGTTAACGCTTCGGGTGCGACTTTCAAAATCTCCTGCCCTTCAAATTC > NC_000913/1688088‑1688281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |