| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,720,828 | C→T | 18.5% | intergenic (‑4/‑197) | slyA ← / → ydhI | global transcriptional regulator/DUF1656 family putative inner membrane efflux pump associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,720,828 | 0 | C | T | 18.5% | 302.4 / 49.3 | 134 | intergenic (‑4/‑197) | slyA/ydhI | global transcriptional regulator/DUF1656 family putative inner membrane efflux pump associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/55); new base T (12/13); total (66/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GGTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCG > NC_000913/1720729‑1720927 | gTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCa < 2:448478/100‑1 (MQ=255) gTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCa > 2:3549068/1‑100 (MQ=255) gTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCa > 2:2099730/1‑100 (MQ=255) gTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCa < 2:1100975/100‑1 (MQ=255) gTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCa < 1:3877423/100‑1 (MQ=255) gTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCa < 1:1351375/100‑1 (MQ=255) 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tCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGc < 2:2108823/100‑1 (MQ=255) tCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGc < 1:919371/100‑1 (MQ=255) cTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCg < 1:2659384/100‑1 (MQ=255) tATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCgg < 1:2682559/100‑1 (MQ=255) tATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCgg > 2:1372430/1‑100 (MQ=255) cAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTCTAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCtt > 2:1969943/1‑100 (MQ=255) agagCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCtt > 2:2009167/1‑99 (MQ=255) agagCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCttt > 1:718900/1‑100 (MQ=255) gCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAg < 1:3229150/100‑1 (MQ=255) aCGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGaa < 2:3879125/100‑1 (MQ=255) cGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAAt > 2:3163220/1‑100 (MQ=255) gCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATa > 1:401633/1‑100 (MQ=255) cATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCCTCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTCGAATAgt > 2:3963166/1‑100 (MQ=255) atatGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAgtg < 2:1161798/100‑1 (MQ=255) tatGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAgtgt > 2:1300073/1‑100 (MQ=255) atGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAgtgt > 1:1150698/1‑99 (MQ=255) atGCGCACCAACCGTACAAGATCAGAACCTAATGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAatgt > 2:1536485/1‑99 (MQ=255) tGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTgc > 2:2546789/1‑100 (MQ=255) gcgcACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTgca < 2:703360/100‑1 (MQ=255) gcACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTgcagc < 1:4059455/100‑1 (MQ=255) cACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTgcagca > 1:2199944/1‑100 (MQ=255) cctaCCGTGCCAGATCAGAAGCTAGTGGCGACTGCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGCGCAGCaa > 2:2105831/4‑99 (MQ=255) ccAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAAt > 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1:2116373/1‑100 (MQ=255) naaTTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATTTATTGCTGCATTTgg > 2:4061619/2‑100 (MQ=255) cAATTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCGTTTAGAATAGTGTGAAGCAATTGTATTGCTAACACAAATGTATTGCTGCATTTg > 2:1415022/1‑99 (MQ=255) cAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTgg < 2:3699748/100‑1 (MQ=255) cAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTgg > 2:2070753/1‑100 (MQ=255) cAACTTGATCTCGTGATACTTAGCCTGCTTAGATATTCTGGGGCTTTTAGGATTGTGTGCTGATAAAGTATTGCTAAATCAAATGTATTGCTGCa > 2:2704698/1‑95 (MQ=255) aaTTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGt > 1:3964906/1‑100 (MQ=255) aTTTTATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGtt < 2:3067260/100‑1 (MQ=255) tttCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTa < 1:223734/100‑1 (MQ=255) tCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTAcc > 1:2068441/1‑100 (MQ=255) tCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTAcc > 2:1284542/1‑100 (MQ=255) cATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCg < 1:3005784/100‑1 (MQ=255) | GGTTTGTGTTAACTCCAGCGGTTTCAGGCGATGGTCTATCAGAGCACGCCATATGCGCACCAACCGTGCCAGATCAGAACCTAGTGGCGATTCCAATTTCATCTCCTTATAATTAGCTTGCTAAGATATTATGCGGCTTTTAGAATAGTGTGCAGCAATTGTATTGCTAAAACAAATGTATTGCTGCATTTGGTTACCG > NC_000913/1720729‑1720927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |