| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,835,227 | T→C | 80.6% | F140F (TTT→TTC) | ydjZ → | TVP38/TMEM64 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,835,227 | 0 | T | C | 80.6% | 282.5 / 56.4 | 135 | F140F (TTT→TTC) | ydjZ | TVP38/TMEM64 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/15); new base C (55/53); total (67/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATA > NC_000913/1835130‑1835323 | ccGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCttttt < 1:3647117/100‑1 (MQ=255) cggcgcggcgCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCttcttc < 1:2443712/100‑1 (MQ=255) gcgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCAc < 1:1179567/100‑1 (MQ=255) gcgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCAc < 1:815941/100‑1 (MQ=255) cgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCAc < 2:2591334/99‑1 (MQ=255) cgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACt > 1:3710300/1‑100 (MQ=255) cgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACt < 1:3538905/100‑1 (MQ=255) cggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCg > 1:1397644/1‑100 (MQ=255) ggcgaagaacTTTTTTATAGCCAGAGTAAGGGGCGGCGAAGTCGTGGAAAAATTAACCGGCAAACCCGTGCTAGCAGGTATGTACGGCGTGTTCACACg > 2:3110007/10‑99 (MQ=255) gcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCGGTGACGTGGTGGAAAAATTAACCGGCCATACCGGGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTc < 2:500556/97‑1 (MQ=255) gcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCt > 2:2419918/1‑100 (MQ=255) cgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTa < 2:3463848/100‑1 (MQ=255) cTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACg > 2:1929496/1‑100 (MQ=255) tgCTTTTTTATCGCAAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCa < 2:2836235/100‑1 (MQ=255) gCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCaa > 1:1587631/1‑100 (MQ=255) cTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCaaa > 2:3485000/1‑100 (MQ=255) cTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCaaa < 1:3206160/100‑1 (MQ=255) cTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCaa > 2:4074408/1‑99 (MQ=255) ttttttATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAac < 1:1736123/100‑1 (MQ=255) tttttATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAaca < 2:3355907/100‑1 (MQ=255) tttATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAacaca > 1:3939438/1‑100 (MQ=255) cGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACATTATGTACGGCTGCTTGCCTCGCTACGGCAAACACACCa > 2:402716/1‑98 (MQ=255) gCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTc > 2:761920/1‑100 (MQ=255) ccAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCt > 2:569650/1‑100 (MQ=255) cAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTg > 2:3181572/1‑100 (MQ=255) agagTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTgg < 1:2064048/100‑1 (MQ=255) gagTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGt > 1:835029/1‑100 (MQ=255) gagTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGt < 1:3076801/100‑1 (MQ=255) agTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTc < 1:33094/100‑1 (MQ=255) agTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTc < 1:2225085/100‑1 (MQ=255) agTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTc < 1:3326356/100‑1 (MQ=255) agTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTc < 2:408363/100‑1 (MQ=255) gTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCt < 1:2246623/100‑1 (MQ=255) gTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCt < 1:278792/100‑1 (MQ=255) tGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTg > 1:221579/1‑100 (MQ=255) aTGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTc < 1:2604734/100‑1 (MQ=255) aTGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTc > 2:409051/1‑100 (MQ=255) gCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCCTTCTGGTCTGTCGGt > 1:709524/1‑99 (MQ=255) gCCGCGAAGTGGAGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGAGAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGtt > 2:681385/1‑100 (MQ=255) cgcgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTAt < 2:2245649/100‑1 (MQ=255) cgcgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTAt < 1:2390338/100‑1 (MQ=255) gcgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTAtt < 2:1781360/100‑1 (MQ=255) gtggtgGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCtt < 2:295033/100‑1 (MQ=255) tggtggAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCttt < 2:1636479/100‑1 (MQ=255) ggtggAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCtttt > 2:978882/1‑100 (MQ=255) gtggAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTAACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGCTATTGCCTTTTg > 2:1035521/1‑100 (MQ=255) tggAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGt < 1:2613651/100‑1 (MQ=255) tggAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGt > 2:1262917/1‑100 (MQ=255) tggAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGt > 2:2038141/1‑100 (MQ=255) ggAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTc < 1:3495256/100‑1 (MQ=255) ggAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTc < 1:3769056/100‑1 (MQ=255) gAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTcc > 1:4095604/1‑100 (MQ=255) gAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTcc < 2:654804/100‑1 (MQ=255) gAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTcc < 1:2389462/100‑1 (MQ=255) aaTTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCttt < 1:3273568/100‑1 (MQ=255) aTTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTc < 2:1875782/100‑1 (MQ=255) ttAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCg < 2:3337153/100‑1 (MQ=255) tAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGa < 1:342657/100‑1 (MQ=255) ccGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATcc < 1:3397976/100‑1 (MQ=255) ccGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATcc > 2:3593745/1‑100 (MQ=255) cGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCa > 1:293646/1‑100 (MQ=255) cGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCa > 1:3657844/1‑100 (MQ=255) gCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAAt > 2:1104190/1‑100 (MQ=255) gCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACAAACCATTCCGGCCTTTCGGTGATTGCCTTCTGTCCCTTTCGATCCa > 2:1436956/1‑98 (MQ=255) cAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATc > 2:3027321/1‑100 (MQ=255) aaaaCCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAAt < 2:1635062/98‑1 (MQ=255) 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1:2389300/100‑1 (MQ=255) ccGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTa < 1:25972/100‑1 (MQ=255) gatcTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTAtg < 2:3817482/97‑1 (MQ=255) tGCTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTAtgc < 2:872366/100‑1 (MQ=255) cTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTAtgctg > 1:3290187/1‑100 (MQ=255) cTTGACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCATTCGATCCAATCAGCTAtgctg > 2:250366/1‑100 (MQ=255) tGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTAtgagatc > 1:3817511/1‑95 (MQ=255) gACAGTATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCg > 1:11288/1‑100 (MQ=255) tATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTg < 1:3972138/100‑1 (MQ=255) tATGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCCTTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTg < 1:3751267/100‑1 (MQ=255) aTGGACGGCTTCTTCACTCCCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTTTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGttt < 2:3665765/98‑1 (MQ=255) tGGACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGAc < 1:1185807/100‑1 (MQ=255) ggACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACt > 2:1365145/1‑100 (MQ=255) gACGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCCTTCTGGTCTGTCGCTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTCTGCTGCCGGCTTGACt > 2:2880566/1‑99 (MQ=255) aCGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTc > 1:387085/1‑100 (MQ=255) aCGGCTTCTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTc < 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cttcttCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATa > 2:1466703/1‑100 (MQ=255) cttcttCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATa > 1:3804142/1‑100 (MQ=255) cTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATa > 2:3469789/1‑100 (MQ=255) cTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATa > 1:3198170/1‑100 (MQ=255) | CCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATA > NC_000913/1835130‑1835323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |