| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,530,076 | (A)7→8 | coding (155/483 nt) | ydcD → | putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,530,069 | 1 | . | A | 94.3% | 306.4 / 10.5 | 88 | coding (148/483 nt) | ydcD | putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base A (48/35); total (50/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑AAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGC > NC_000913/1529971‑1530162 | gTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑a < 2:1850568/100‑1 (MQ=255)gTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑a > 1:1089458/1‑100 (MQ=255) ttATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑aaa > 1:1071161/1‑100 (MQ=255) ttATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑aaa < 2:1116296/100‑1 (MQ=255) tATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑aaaa > 1:1067589/1‑100 (MQ=255) aTTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑aaaaa > 2:1662146/1‑100 (MQ=255) 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tACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATattatt > 1:952915/1‑100 (MQ=255) aCCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATAttattt > 2:1714988/1‑100 (MQ=255) aCCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATAttattt > 2:1715070/1‑100 (MQ=255) ccTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATAttattta > 1:1644483/1‑100 (MQ=255) ccTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATAttattt > 2:882215/1‑99 (MQ=255) cgatcttttGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATAttatttat < 1:760689/94‑1 (MQ=255) cTTGGGTTTGATAAAAATTCAAAATATGACATCGTATTTTATAGACATAAAAAACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATAttatttat < 2:2037596/100‑1 (MQ=255) tGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑AAAAAA‑ATATTATTTATaaa < 1:1481729/100‑1 (MQ=255) gTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAaat < 2:1943834/100‑1 (MQ=255) tttGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTtatagatcg > 2:760686/1‑95 (MQ=255) tGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAaataat < 1:1677796/100‑1 (MQ=255) gATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaatt > 2:243332/1‑100 (MQ=255) gATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaatt < 1:993179/100‑1 (MQ=255) gATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaatt > 2:115154/1‑100 (MQ=255) gATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaatt > 1:1188389/1‑100 (MQ=255) tAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaattaa > 2:1523369/1‑100 (MQ=255) tAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaattaa > 2:676144/1‑100 (MQ=255) tAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaattaa > 2:560978/1‑100 (MQ=255) tAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaattaa < 1:1956748/100‑1 (MQ=255) tAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaattaa > 2:1980956/1‑100 (MQ=255) aaCAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGAGATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAAtaattaat > 2:1349923/1‑100 (MQ=255) aaCAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑AAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATg < 2:1701357/100‑1 (MQ=255) agaataaaaaTTCTGACATCGTATTTTATGTACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATATATATAAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATg < 2:42110/93‑1 (MQ=255) aCAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATg < 2:1067584/100‑1 (MQ=255) aCAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAAAATTCTAAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATg < 2:1266420/100‑1 (MQ=255) aaTTCAAATACTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACAAAAGTGCGTTAAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGAc < 2:466654/100‑1 (MQ=255) aTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGAcc > 2:1623111/1‑100 (MQ=255) aTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑AAATTATTTATAAaataatatttttt > 2:1448521/1‑92 (MQ=255) ttCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCa < 1:1753034/100‑1 (MQ=255) cAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCaaa > 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1:47504/100‑1 (MQ=255) gTTGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTtaat < 1:329757/100‑1 (MQ=255) ttGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTtaata > 1:906683/1‑100 (MQ=255) tGAGATATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTtaataa > 1:35607/1‑100 (MQ=255) gaTATATCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGAAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTa > 2:1953692/1‑100 (MQ=255) gaTATATCTTTCTG‑AAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTa > 2:938035/1‑99 (MQ=255) atatatCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTa < 2:1644470/99‑1 (MQ=255) tatatCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACa > 2:1121234/1‑100 (MQ=255) atatCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAg < 1:1349932/100‑1 (MQ=255) atCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGa > 2:267839/1‑100 (MQ=255) tCTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGAc > 1:14976/1‑100 (MQ=255) cTTTCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACg > 1:1071302/1‑100 (MQ=255) tttCTGAAAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGATGc > 2:1199537/1‑100 (MQ=255) | GTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑AAAAAA‑ATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGC > NC_000913/1529971‑1530162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |