| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,306 | (T)7→8 | intergenic (+148/‑463) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 96.5% | 298.6 / 3.8 | 85 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base T (36/46); total (38/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
TATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712201‑1712393 | tATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑t > 2:753902/1‑100 (MQ=255) tCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑t < 1:1790962/100‑1 (MQ=255) ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttgt > 2:1236857/1‑98 (MQ=255) ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑ttgt > 2:1237248/1‑98 (MQ=255) ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑tt > 2:1233596/1‑100 (MQ=255) ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑ttt > 2:190800/1‑100 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑tttttt > 2:145017/1‑99 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑tttttt > 2:1163781/1‑99 (MQ=255) tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑tt‑tttttta < 1:1025754/100‑3 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAg > 1:602416/1‑100 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAg < 1:948108/100‑1 (MQ=255) aaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGc < 1:673192/100‑1 (MQ=255) aCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCg > 2:311836/1‑100 (MQ=255) cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGa > 1:1369092/1‑100 (MQ=255) cATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGa > 1:777980/1‑100 (MQ=255) tCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGaaa > 1:536126/1‑100 (MQ=255) tttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAAtt > 2:1712996/1‑100 (MQ=255) ttttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAAttt < 2:801718/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:1235042/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:393307/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:1794897/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1974534/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1926748/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1182182/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1182376/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 2:1699738/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTc < 1:552491/100‑1 (MQ=255) tAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCt < 1:1279365/100‑1 (MQ=255) aCGTTAATGATTCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTa < 2:1606256/99‑1 (MQ=255) aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTat > 2:1625862/1‑100 (MQ=255) aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTat > 2:1622826/1‑100 (MQ=255) aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTat < 1:1048803/100‑1 (MQ=255) aCGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTa < 1:190164/99‑1 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 1:81241/1‑100 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 1:1687854/1‑100 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTatt < 1:1831973/100‑1 (MQ=255) tCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTattca < 1:238876/100‑1 (MQ=255) cAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcat > 1:762563/1‑100 (MQ=255) aaTGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTACTTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcatt > 1:1113899/1‑100 (MQ=255) aaTGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcatt < 1:1854181/100‑1 (MQ=255) gatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt > 1:1681766/1‑100 (MQ=255) gatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt > 2:898850/1‑100 (MQ=255) ccATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATc > 2:1502126/1‑100 (MQ=255) cATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCa < 2:256801/100‑1 (MQ=255) gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt < 2:1624620/100‑1 (MQ=255) gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TTCTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 2:1865104/1‑100 (MQ=255) ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAGGATCa < 1:753905/100‑1 (MQ=255) ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCa < 1:1163787/100‑1 (MQ=255) tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTTTTTTTTTAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGAt > 2:1563061/1‑97 (MQ=255) aGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACg < 1:1168923/100‑1 (MQ=255) aGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAAACAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACg < 2:602414/100‑1 (MQ=255) gCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa > 2:865723/1‑100 (MQ=255) gCGTTATCATCAGGTAATCCATTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa > 2:1251086/1‑100 (MQ=255) cGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGAt > 1:1531912/1‑100 (MQ=255) ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 1:475873/100‑1 (MQ=255) ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 1:1713009/100‑1 (MQ=255) gatctatcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 1:1317208/95‑1 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGcagatc > 2:1317200/1‑95 (MQ=255) caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa < 1:1251092/100‑1 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCaa > 1:1546412/1‑100 (MQ=255) gTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAAtn < 2:1687841/100‑2 (MQ=255) gTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg > 2:1302234/1‑100 (MQ=255) tAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTTTTTTTTAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGt > 2:1601603/1‑100 (MQ=255) tAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGt > 1:1624919/1‑100 (MQ=255) tCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaaa > 1:498242/1‑100 (MQ=255) 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2:1036661/1‑100 (MQ=255) cAAAAATGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa < 2:777977/100‑1 (MQ=255) aaaaTGCTTGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTATATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg < 1:145018/100‑1 (MQ=255) aaaaTGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg > 2:1300286/1‑100 (MQ=255) aaaTGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGt < 1:525379/100‑1 (MQ=255) aaaTGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGt < 2:1457755/100‑1 (MQ=255) aaTGCAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGtt > 1:518860/1‑100 (MQ=255) cAGGTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCCGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaaaa < 2:1098136/100‑1 (MQ=255) cAGGTTAATTG‑TT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAAt < 1:1036666/100‑1 (MQ=255) ggTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAATTTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATc > 1:588656/1‑100 (MQ=255) gTTAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa < 1:454291/100‑1 (MQ=255) ttAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAt < 2:1681753/100‑1 (MQ=255) tAATTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAtt > 1:1599889/1‑100 (MQ=255) aaTTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt > 1:983290/1‑100 (MQ=255) aaTTGTTT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTAATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt < 2:762560/100‑1 (MQ=255) | TATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTG‑TT‑TTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712201‑1712393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |