| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689 | +A | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 94.2% | 345.8 / 13.5 | 103 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base A (42/55); total (44/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGG‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCA > NC_000913/4235587‑4235777 | ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGG‑a < 2:648453/100‑1 (MQ=255)ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGG‑a > 1:2022311/1‑100 (MQ=255) gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGG‑aa > 1:95605/1‑100 (MQ=255) gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGG‑aa < 2:1522548/100‑1 (MQ=255) cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTCAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGG‑aaa > 2:2001683/1‑100 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGc > 2:55005/1‑100 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGc < 1:1925178/100‑1 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCa < 2:434117/100‑1 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAg < 2:1950292/100‑1 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAg > 1:1417661/1‑100 (MQ=255) tCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAATT‑AAAAAAAATACGCAGa < 2:1180639/100‑1 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGAt < 2:1019871/100‑1 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGAtt > 2:902217/1‑100 (MQ=255) 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> 1:1477159/1‑100 (MQ=255) aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTg < 1:1792092/100‑1 (MQ=255) aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTaagatc > 1:1943180/1‑96 (MQ=255) aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGc > 2:720094/1‑100 (MQ=255) ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCtt < 2:1842143/100‑1 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCttt < 1:928240/100‑1 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCttt > 2:151821/1‑100 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCt < 2:717149/98‑1 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTCATTGCTTTTGttt < 1:1372131/100‑1 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt < 1:831311/100‑1 (MQ=255) tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt < 1:1256192/100‑1 (MQ=255) tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTCGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt < 2:1113747/100‑1 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 2:2012873/1‑100 (MQ=255) gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 1:993942/100‑1 (MQ=255) aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGG‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta > 1:1208625/1‑100 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta < 2:221706/100‑1 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGG‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa < 2:1299532/100‑1 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt > 2:1867806/1‑100 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt > 1:1070793/1‑100 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt < 1:902220/100‑1 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt > 1:624558/1‑100 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 2:1616172/1‑100 (MQ=255) 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> 2:1850499/1‑97 (MQ=255) gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg > 2:224907/1‑100 (MQ=255) gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg < 1:32471/100‑1 (MQ=255) gTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg > 2:1641478/1‑100 (MQ=255) tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGt < 1:1424594/100‑1 (MQ=255) gAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGtt < 1:876708/100‑1 (MQ=255) gAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGtt < 1:55005/100‑1 (MQ=255) aGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTa < 1:847178/100‑1 (MQ=255) 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1:224908/100‑1 (MQ=255) ttgttTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGa < 2:1166053/100‑1 (MQ=255) tgttTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTggt < 1:1386482/100‑3 (MQ=255) tgttTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat < 1:1867823/100‑1 (MQ=255) tgttTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTACATTTGat < 1:1077975/100‑1 (MQ=255) gttTATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata < 2:95604/100‑1 (MQ=255) tttATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata < 2:1417652/99‑1 (MQ=255) ttATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATatt < 2:1891286/100‑1 (MQ=255) ttATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATatt > 2:837863/1‑100 (MQ=255) tATTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataac < 1:637473/100‑8 (MQ=37) aTTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGTAACTTATATTTTATtttca > 2:955317/1‑100 (MQ=255) aTTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGAttttta > 2:505160/1‑98 (MQ=255) aTTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca > 2:1839144/1‑100 (MQ=255) aTTT‑CGGAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca > 1:910027/1‑100 (MQ=255) | GGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTT‑CGG‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCA > NC_000913/4235587‑4235777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |