| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,603,361 | A→G | intergenic (‑503/‑116) | yjjP ← / → yjjQ | DUF1212 family inner membrane protein/putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,603,361 | 0 | A | G | 97.6% | 291.2 / ‑2.2 | 83 | intergenic (‑503/‑116) | yjjP/yjjQ | DUF1212 family inner membrane protein/putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (40/41); total (40/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
TTAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAG > NC_000913/4603265‑4603456 | ttAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAg < 1:805445/100‑1 (MQ=255) aaaTGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGtt < 2:502105/100‑2 (MQ=255) aTGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGaa > 2:1199894/1‑100 (MQ=255) tGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAAt > 2:1013660/1‑100 (MQ=255) tctcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGc < 1:675164/100‑1 (MQ=255) tctcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGc > 2:524923/1‑100 (MQ=255) ctcCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCt > 1:1604219/1‑100 (MQ=255) ccAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGCGCTGTTGTGCAGCAGCAGTATGCTGATATGGCAGTGAAtcc > 2:1632846/1‑95 (MQ=255) ccAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTaa < 2:1177706/100‑1 (MQ=255) ccAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTa > 2:2016220/1‑99 (MQ=255) cAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAg < 2:74795/100‑1 (MQ=255) cTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATa > 2:1123310/1‑100 (MQ=255) cTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATa > 1:986068/1‑100 (MQ=255) cTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATa > 2:1887746/1‑100 (MQ=255) tATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATaa > 1:279740/1‑100 (MQ=255) tttCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAAtt < 1:228193/100‑1 (MQ=255) ttCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAAttt > 2:436644/1‑100 (MQ=255) tCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTa > 2:230081/1‑100 (MQ=255) aCCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTAtt > 1:1599479/1‑100 (MQ=255) aCCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTAtt > 1:984995/1‑100 (MQ=255) ccAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTc < 2:955423/100‑1 (MQ=255) aGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGc < 1:1446236/100‑1 (MQ=255) ggTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCt < 2:1822641/100‑1 (MQ=255) aTCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAAt > 2:1344424/1‑100 (MQ=255) aTTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTa > 1:187294/1‑100 (MQ=255) tttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAt < 1:1493586/100‑1 (MQ=255) ttGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTAtt < 2:883891/100‑1 (MQ=255) tGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTa < 1:523057/100‑1 (MQ=255) tGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAAtt > 2:1647472/1‑100 (MQ=255) tGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAAtt > 2:168483/1‑100 (MQ=255) tGCTAACCTTCTGACACATGCAGGGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAAtt > 2:298657/1‑100 (MQ=255) aaCCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCt > 1:134533/1‑100 (MQ=255) aCCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTg > 1:1147132/1‑100 (MQ=255) aCCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTg < 1:2016238/100‑1 (MQ=255) aCCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTg < 1:1098235/100‑1 (MQ=255) ttCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGaa < 2:1714990/100‑1 (MQ=255) ttCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGaa < 2:1682704/100‑1 (MQ=255) tCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGaaa < 1:1602780/100‑1 (MQ=255) cTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTCTGCTGATATGGAAGTGATTGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATATATTAATTTGCTGGaacc > 2:1378034/1‑98 (MQ=255) cTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAAc < 2:279739/100‑1 (MQ=255) tGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACa > 1:1465104/1‑100 (MQ=255) gACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAt > 2:477813/1‑100 (MQ=255) cacaTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTTCTGGAAACAttt < 1:1344433/100‑1 (MQ=255) cacaTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACAttt > 2:248856/1‑100 (MQ=255) cacaTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTAAGCTGATATGGAGGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTCATCTATTAATTTGCTGGAAACAttt > 2:1386940/1‑100 (MQ=255) acaTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTa < 2:984991/100‑1 (MQ=255) caTGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTaa > 1:945148/1‑100 (MQ=255) tGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAgg < 1:1187108/100‑1 (MQ=255) tGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAgg < 2:1743873/100‑1 (MQ=255) gCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGga < 1:583698/100‑1 (MQ=255) gCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGga < 1:276458/100‑1 (MQ=255) 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1:77070/100‑1 (MQ=255) tgtgCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGa > 2:1800995/1‑100 (MQ=255) tgCAGCAGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAAt < 1:524924/100‑1 (MQ=255) gcagcaGGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATa > 2:924131/1‑100 (MQ=255) gcagGAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAAc < 2:506024/100‑1 (MQ=255) cagGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAATGAATGAATATCCTGAATAAAcc < 2:935672/100‑1 (MQ=255) gAGTATGCTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACcatc < 1:248857/100‑1 (MQ=255) ccgatctcTGATATGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACcatc < 1:1305687/93‑1 (MQ=255) 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2:434839/1‑100 (MQ=255) cttatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAAttttt < 1:1095362/98‑1 (MQ=255) atatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTa < 1:436645/100‑1 (MQ=255) atatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTa > 1:1997409/1‑100 (MQ=255) atatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTa < 1:1647485/100‑1 (MQ=255) atatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCGTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTa < 1:168484/100‑1 (MQ=255) tatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAg < 1:1013665/100‑1 (MQ=255) tatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAg < 1:1887764/100‑1 (MQ=255) tatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAg < 1:1519220/100‑1 (MQ=255) tatGGAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAAGCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAg > 2:1095357/1‑100 (MQ=255) | TTAAATGTCTCCAGGCTATTTCACCAGGTTATCATTTGATGCTAACCTTCTGACACATGCAGTGGAGTTGTTGTGCAGCAGGAGTATGCTGATATGAAAGTGAATGCTAAGGATAATTTATTCGCTTAATCTATTAATTTGCTGGAAACATTTAAGGAATGAATATCCTGAATAAACCATCATAATTTTTAG > NC_000913/4603265‑4603456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |