| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,360,916 | (A)6→5 | 100% | intergenic (+300/‑260) | gltD → / → gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,360,911 | 0 | A | . | 50.3% | 319.2 / inf | 173 | intergenic (+295/‑265) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/44); new base . (44/43); total (86/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
ATTACTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCA > NC_000913/3360812‑3361009 | aTTACTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAAtata > 2:1463664/1‑100 (MQ=255) cTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaaaa > 1:110734/1‑100 (MQ=255) cTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaaaa < 1:1386919/100‑1 (MQ=255) cTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaaaa > 2:1347192/1‑100 (MQ=255) cTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaaaa > 1:3432454/1‑100 (MQ=255) tGTTAACACTTCTGACAATACCGATTCTACAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCAATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaaaaa > 1:2257173/1‑99 (MQ=255) tGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAAc > 1:3569937/1‑100 (MQ=255) tGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAAc < 1:3517097/100‑1 (MQ=255) tGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTAAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAAc < 1:1945792/100‑1 (MQ=255) gTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATaaaaac < 2:1655020/98‑2 (MQ=255) ttAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCa < 1:1074315/100‑1 (MQ=255) tAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCaa > 2:3515027/1‑100 (MQ=255) acacCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAata > 1:398551/1‑100 (MQ=255) cacCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAatata > 1:526798/1‑100 (MQ=255) acCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAatata < 1:3175597/100‑1 (MQ=255) tGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATc < 2:166783/100‑1 (MQ=255) tGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATcc < 1:573456/100‑1 (MQ=255) gACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATcc < 1:773654/100‑1 (MQ=255) aaTACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTa > 1:2977066/1‑100 (MQ=255) aTACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAAt < 2:2830949/100‑1 (MQ=255) ccGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTAt > 1:3431535/1‑100 (MQ=255) cGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTAt > 2:600514/1‑100 (MQ=255) cGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTAt > 1:1557151/1‑100 (MQ=255) gATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATc > 1:2423123/1‑100 (MQ=255) gATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATc < 2:495462/100‑1 (MQ=255) aTTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCtg < 2:4260183/100‑2 (MQ=255) ttCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTGATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTa < 1:2367703/96‑1 (MQ=255) ttCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCtat < 2:339954/100‑1 (MQ=255) taaaaacTATTAAATCTTTTAATTCCATATAAATTCTCTCGATATTAATATATAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCtat < 1:3153202/92‑1 (MQ=255) tGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCtatata > 2:3759812/1‑100 (MQ=255) cAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATAtt > 2:2304761/1‑100 (MQ=255) aaGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATAtt < 1:331414/100‑1 (MQ=255) aaGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATAttt > 1:3672617/1‑100 (MQ=255) gCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑ATACACCAATATATTTTCCTTAATTATCCATATAttt > 1:1903061/1‑98 (MQ=255) tATTCAGTCTCTTCATTCCATGTAAATTGTCACGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTcc < 2:2987818/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCt > 1:1849637/1‑100 (MQ=255) ttCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTAt > 2:2824582/1‑100 (MQ=255) tCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTAtt < 2:3744810/100‑1 (MQ=255) tCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTATAGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAAACAATATATTATCCTTAATTATTTATATATTTTcat > 1:3778692/1‑96 (MQ=255) agacTTTTCATACCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTAtttt < 1:1062075/97‑1 (MQ=255) aGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTAttt > 2:3186330/1‑100 (MQ=255) gTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTAtttt > 2:3235828/1‑100 (MQ=255) gTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTAttttt > 2:1856054/1‑100 (MQ=255) gTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTAtttt < 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gTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCa < 1:655543/100‑1 (MQ=255) aaaTTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCa < 2:538509/99‑1 (MQ=255) aaaTTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCAt > 2:3672969/1‑100 (MQ=255) aaaTTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATg > 2:3798923/1‑100 (MQ=255) aaaTTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATg < 1:2133114/100‑1 (MQ=255) ttGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTaa < 2:404344/100‑1 (MQ=255) ttGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTaa < 1:2304755/100‑1 (MQ=255) tctcGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAAt > 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< 2:2225273/100‑1 (MQ=255) aaTATACAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATca > 2:759421/1‑100 (MQ=255) tataCAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATcac < 2:1078116/100‑1 (MQ=255) gatctaaaTATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATcacc < 2:2633708/95‑1 (MQ=255) ataCAAAATATGAATAT‑AAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATTAATAATTATcacc < 2:2106647/99‑1 (MQ=255) taCAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATcacca > 2:1524156/1‑100 (MQ=255) cAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTTATCTTAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACcaca > 1:3039212/1‑100 (MQ=255) cAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACcaca > 2:484111/1‑100 (MQ=255) 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< 2:902757/100‑1 (MQ=255) tGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAaccacc < 1:1833568/100‑1 (MQ=255) aaTATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTc > 2:2386067/1‑100 (MQ=255) tataAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCAc > 2:3102973/1‑100 (MQ=255) taAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCa > 1:2751856/1‑100 (MQ=255) | ATTACTTGTTAACACCTCTGACAATACCGATTCTGCAAGCTATTCAGTCTTTTCATTCCATGTAAATTGTCTCGATATTAATATACAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCA > NC_000913/3360812‑3361009 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |