| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656:1 | (T)7→8 | 100% | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 94.7% | 491.6 / 18.5 | 152 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/5); new base T (59/83); total (62/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743 | aaTGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTa < 1:3396331/100‑1 (MQ=255) tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t < 1:508098/100‑1 (MQ=255) gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑t < 2:239361/100‑1 (MQ=255) gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑t > 2:3406792/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑ttttt > 1:180879/1‑100 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑tttttt > 2:850435/1‑99 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑tttttt < 2:350354/100‑2 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑tttttt > 1:110590/1‑99 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑ttttttc < 2:2343877/100‑3 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑ttttttcg < 1:606338/100‑4 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑ttttttcg < 2:317641/100‑4 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGTTTTATTAATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTTCTA‑t‑t‑tttttttat > 1:2591839/1‑95 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑ttttttcgtt < 1:3698330/100‑6 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑t‑t‑ttttttcgtt < 2:3228764/100‑6 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAACAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTg < 1:2290998/100‑1 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TCT‑TTTTT‑CGTTg < 2:4218731/100‑1 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGc < 1:4199595/100‑1 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGc < 2:596939/100‑1 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGc < 2:3757215/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGTAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAATACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCt < 1:1676805/100‑1 (MQ=255) 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aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATGAATCTCTGCTTTTGATATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCtaataa > 1:2877994/1‑100 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCtaataa > 2:2641624/1‑100 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑TGTTGCTaataat > 1:1713237/1‑100 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAataata > 1:2415694/1‑100 (MQ=255) agagCAAATAATTATAATTTTACTTCCATTTTTGTTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑T‑TTTTTGCGTTGCtaata < 1:2740074/98‑1 (MQ=255) gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTaataat < 1:3166269/99‑1 (MQ=255) aaTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCtattattattt > 2:726751/1‑96 (MQ=255) aaTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTAc < 2:1427091/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACt < 2:665128/100‑1 (MQ=255) tAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACTg > 2:1149446/1‑100 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCt < 1:2141071/100‑1 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCt < 2:19226/100‑1 (MQ=255) tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTa > 2:3181957/1‑99 (MQ=255) atattccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTAGT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaaa < 1:2813226/96‑1 (MQ=255) 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ttGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGacac < 2:3803375/100‑1 (MQ=255) ttGCTATT‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGacac < 2:3803374/100‑1 (MQ=255) tGCTATT‑T‑TTTTT‑CTTTTCTAATAATATCTACTGCTAACAATCAATTTATATTAACTCCATTAATTGTGTATTTATATTATATTTTTTTTTTTAcacaca > 1:3920295/1‑100 (MQ=255) | AATGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑T‑T‑TTTTT‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469550‑2469743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |