| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,530,076:1 | (A)7→8 | 100% | coding (155/483 nt) | ydcD → | putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,530,069 | 1 | . | A | 97.6% | 422.8 / 2.7 | 125 | coding (148/483 nt) | ydcD | putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base A (65/57); total (67/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCA > NC_000913/1529970‑1530163 | tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTg < 1:293219/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTg < 2:1879953/100‑1 (MQ=255) gTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑a < 2:628982/100‑1 (MQ=255) tttATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑aa < 2:675142/100‑1 (MQ=255) tATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑aaaa > 1:81859/1‑100 (MQ=255) aTTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑aaaaa > 2:731156/1‑100 (MQ=255) tttGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑aaaaaa > 2:2629581/1‑100 (MQ=255) tttGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑aaaaaa < 2:1137105/100‑1 (MQ=255) tgttgtTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑aaaaaaaa > 2:2202187/1‑99 (MQ=255) tgttgtTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑aaaaaaaa < 1:1183801/100‑2 (MQ=255) tttgttTACCTGTAATTTAATAACAATACAAATTCTGAAATCCAATTTTATAGACATAAAACACCAAAGAGCGGCCAGATAGATCATTCTG‑‑aaaaaa < 1:1425798/96‑1 (MQ=255) gttgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑aaaaaaaat > 2:1930799/1‑98 (MQ=255) ttgttTATATTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACAACAAAGAGAGTTGAGATATATCTTTATG‑‑aaaaaaaat < 1:1864911/99‑3 (MQ=255) gttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑aaaaaaaatatt > 2:1421645/1‑95 (MQ=255) tACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGGGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑Tattatt < 2:672915/100‑1 (MQ=255) aCCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑Tattatt < 1:3388182/99‑1 (MQ=255) aCCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TAttattt < 2:2358778/100‑1 (MQ=255) aCCTTAGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATATTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TAttattt < 1:3509177/100‑1 (MQ=255) ccTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TAttattta < 2:640256/100‑1 (MQ=255) ccTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TAttattta > 2:3180708/1‑100 (MQ=255) cTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TAttatttat < 2:1873253/100‑1 (MQ=255) ttGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTtata > 1:188264/1‑100 (MQ=255) gggTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATaaa > 2:1585493/1‑100 (MQ=255) gggTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATaaa < 2:3082840/100‑1 (MQ=255) ggTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATaaaa > 2:1544867/1‑100 (MQ=255) gTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAaat < 2:4140990/100‑1 (MQ=255) gTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAaat > 2:4246025/1‑100 (MQ=255) ttGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAaataa > 1:1698251/1‑100 (MQ=255) gATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAAtaatt > 2:2709988/1‑100 (MQ=255) gATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAAtaatt < 2:3359636/100‑1 (MQ=255) gATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAAtaatt < 2:365115/100‑1 (MQ=255) aTAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATAAAAATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATATTTAAGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAAtaatt < 1:668843/99‑1 (MQ=255) aTAACAATTCAAATTCTGACATCGTATATTATGAACATAAAACACCAAAGAGCTTTAAGATATATCAAAAAAA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAAtaatta < 1:1084778/100‑1 (MQ=255) aTAAAAATTCAAATTCTTAAATCCTATTTTATAGACATAAAACAACAAAGAGTTTTGAGATATAAATTAATAA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAaataat < 1:527984/98‑1 (MQ=255) tagcAATTCAAATTCTTAAATCGTATTTTATATACATAAAACACCAAAGAGCTTTTAGATAGAACTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAAtaattaa < 1:2063342/97‑1 (MQ=255) tAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAAtaattaa > 2:138163/1‑100 (MQ=255) aaCAATTCAAATTCTGACATCTTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAAtaattaat < 1:273195/100‑1 (MQ=255) aaCAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAAtaattaa > 2:1285449/1‑99 (MQ=255) aCAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATg > 2:1434645/1‑100 (MQ=255) cAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGa < 2:906537/100‑1 (MQ=255) aaTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGAc < 2:2271874/100‑1 (MQ=255) aTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGAcc < 2:1449943/100‑1 (MQ=255) ttCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCa > 2:925704/1‑100 (MQ=255) aaTTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCaaaaa > 1:3923995/1‑100 (MQ=255) ttCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAAt < 2:1650853/100‑1 (MQ=255) ttCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAAt < 2:1301228/100‑1 (MQ=255) ttCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAAt < 2:3850269/100‑1 (MQ=255) cTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATta > 2:1982108/1‑100 (MQ=255) tGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATtag > 2:4221826/1‑100 (MQ=255) tGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATtag > 2:3288671/1‑100 (MQ=255) tGACATCGTATTTTATGAACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATAAAAAAAAAA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATtag < 1:1143992/100‑1 (MQ=255) aCATAGAATTTAATGGATATAAAAAACCAAAGAGAGTTTATATATAAAAATAAAA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATta < 1:229142/97‑1 (MQ=255) ttggtgttttATGTCCATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTaga > 2:2409187/7‑100 (MQ=255) aTCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTaga > 1:1978546/1‑100 (MQ=255) aTCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTaga > 2:2029139/1‑100 (MQ=255) 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tttCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGc < 2:537709/100‑1 (MQ=255) ttCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAACAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGc < 2:2380279/99‑1 (MQ=255) ttCTGA‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCa > 2:3839736/1‑100 (MQ=255) | TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTG‑‑AAAAAAA‑TATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGCA > NC_000913/1529970‑1530163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |