New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 274370 = | NA (NA) | 9 (0.060) | 4/168 | NT | NA | noncoding (780/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | 274404 = | NA (NA) | noncoding (746/1195 nt) | IS5 | repeat region |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CAATCAGCTGGGTAATCTGCTGCATGGAGAGGAGCAATTTGTCTCAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/274473‑274370 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtggCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGA > NC_000913/274404‑274501 CAATCAGCTGGGTAATCTGCTGCATGGAGAGGAGCAATTTGTCTCAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGAT < 1:3146975/100‑1 CAATCAGCTGGGTAATCTGCTGCATGGAGAGGAGCAATTTGTCTCAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGAT > 2:2220827/1‑100 CAATCAGCTGGGTAATCTGCTGCATGGAGAGGAGCAATTTGTCTCAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGAT < 1:2246295/100‑1 CAATCAGCTGGGTAATCTGCTGCATGGAGAGGAGCAATTTGTCTCAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGAT > 2:3062569/1‑100 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GCTGGGTAATCTGCTGCATGGAGAGGAGCAATTTGTCTAAGCCGATGCCGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGACGTGGCCGAGGTGGATGTGG > 2:1418016/1‑98 TGGGTAATCTGCTGCAGGGAGAGGAGCAATTTGTCTCAGCCGAGGCAGGCTACCAAGGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGG < 1:3728067/96‑1 GGGGCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACC > 1:531552/1‑100 GGCGCCACAGCGCGAGAAGCTGGCCGAGGTAGATGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCC > 1:245746/1‑99 GCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAG > 2:570893/1‑100 GCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAG > 2:2871363/1‑100 GCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAG > 1:960856/1‑100 GCGCCACAGCGCGAGGAGCTGGCCGAGGTGGATGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAG > 2:2393776/1‑100 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |