| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2304696 | NA (NA) | 21 (0.150) | 7/164 | NT | 24.6% | noncoding (280/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 2304728 | 70 (0.460) | noncoding (312/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAA > NC_000913/2304623‑2304795 | gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > 2:3356866‑M2/1‑100 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > 2:2915864‑M2/1‑100 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > 1:2432715‑M2/1‑100 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > 1:3266030‑M2/1‑100 (MQ=255) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT > 2:2022735‑M2/1‑100 (MQ=255) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT < 1:2411317‑M2/100‑1 (MQ=255) cTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT > 1:3158414‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAgc < 1:1678113‑M2/100‑3 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGACAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 2:2528392‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGTGCCCCGCCCCGTAGGTGGGATAAGGCGGTTCCGGCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 2:1013220‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGGGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 1:1831073‑M2/1‑100 (MQ=255) tctaagtgCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA > 2:98032‑M2/4‑100 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCGGCATCCGACATCCAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA > 1:3375364‑M2/1‑100 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACCTCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCCTCTTATC < 1:1652206‑M2/99‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATGTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:4242409‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA > 1:3708563‑M2/1‑100 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:1099497‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA > 2:1973069‑M2/1‑100 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 2:1882734‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:2749372‑M2/100‑1 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCTGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG > 2:4205350‑M2/1‑100 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG > 2:1318371‑M2/1‑100 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACACTGGCGCGTCTTAgca < 1:390424‑M2/99‑4 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 2:1271046‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 2:1133377‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 2:1131998‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 1:1589723‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 1:3707838‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:834181‑M2/100‑1 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAaga < 1:98032‑M2/100‑4 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:853625‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 2:2302886‑M2/100‑1 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 1:2518887‑M2/98‑1 (MQ=255) gTGCTGCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 2:2273962‑M2/1‑97 (MQ=255) gCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGccttc < 1:2778187‑M2/99‑6 (MQ=255) gCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGc < 1:701043‑M2/95‑2 (MQ=255) gCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 1:2777394‑M2/94‑1 (MQ=255) gCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCACAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 1:2754831‑M2/94‑1 (MQ=255) cTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGccc < 1:3510425‑M2/96‑4 (MQ=255) cTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 1:298937‑M2/93‑1 (MQ=255) cTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCAGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 1:2563182‑M2/95‑1 (MQ=255) ccACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGGTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCGGATGCGACGCTGCCGCGTCTAATCAGGCtaccacc < 2:2392840‑M2/100‑8 (MQ=255) ccccGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGactcccc < 1:1109970‑M2/96‑8 (MQ=255) cGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagat < 2:3730554‑M2/100‑21 (MQ=255) ccGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgcctt < 2:39751‑M2/100‑44 (MQ=255) aGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 1:3158332/100‑1 (MQ=31) aGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 1:3859942/100‑1 (MQ=31) aGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 2:3290636/100‑1 (MQ=31) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 1:3184297/99‑1 (MQ=31) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc < 1:165642/100‑1 (MQ=32) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc < 2:432152/100‑1 (MQ=32) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggag < 2:1178048‑M2/100‑64 (MQ=255) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggag < 1:3473210‑M2/100‑64 (MQ=255) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttggatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtctgacctacgg < 1:941813‑M2/93‑57 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggcgc < 1:1279839‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagc < 2:2747317‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagc < 1:2392834‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttggatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtctgacctacggggtgccg < 2:1134615‑M2/99‑64 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttagatgttggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagc < 2:903376‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggccgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacgggggggcgc < 2:864446‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc < 2:847794/100‑1 (MQ=33) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggctgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagca < 2:522066‑M2/100‑66 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgatctacggggtggagca < 2:4212882‑M2/100‑66 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatctaacctacggggtggagca < 2:1469025‑M2/100‑66 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc < 2:2484047/100‑1 (MQ=35) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc > 2:399174/1‑100 (MQ=33) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc < 2:3978600/100‑1 (MQ=35) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc < 2:1088750/100‑1 (MQ=35) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTACTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc < 2:1038910/100‑1 (MQ=25) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc < 2:1059358/99‑1 (MQ=35) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa < 2:392470/100‑1 (MQ=35) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa > 2:1166892/1‑100 (MQ=35) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtccgacctacggggtg < 1:2218690‑M2/93‑61 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcact < 2:3845356‑M2/100‑68 (MQ=255) | GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAA > NC_000913/2304623‑2304795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |