| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,162,174 | A→T | 39.8% | A237A (GCA→GCT) | iceT → | putative citrate/iron‑citrate/zinc‑citrate efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,162,174 | 0 | A | T | 39.8% | 119.4 / 196.9 | 166 | A237A (GCA→GCT) | iceT | putative citrate/iron‑citrate/zinc‑citrate efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/54); new base T (27/39); total (73/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAG > NC_000913/2162077‑2162272 | ttGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGctct < 1:3354495/100‑1 (MQ=255)ttGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACt < 1:13162/100‑1 (MQ=255) ggCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTgg > 1:4067686/1‑100 (MQ=255) ggCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTgg < 1:2743244/100‑1 (MQ=255) gCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGt > 1:1533047/1‑100 (MQ=255) gCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGt < 1:414674/100‑1 (MQ=255) gCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGt > 2:1151479/1‑100 (MQ=255) cATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTg < 2:2549985/100‑1 (MQ=255) tGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGCTTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCt > 1:1082825/1‑100 (MQ=255) gTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATc < 2:3467805/100‑1 (MQ=255) tATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATct < 2:230099/100‑1 (MQ=255) ttAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATctgc < 2:4067708/100‑1 (MQ=255) ttAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATctgc > 1:1826044/1‑100 (MQ=255) tAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATctgct < 2:4039611/100‑1 (MQ=255) accccTGGCGCTGAACGGCAGTAAAGGTACAAGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATctgctg > 2:2880955/3‑100 (MQ=255) aaCCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATctgctg < 2:4065639/100‑1 (MQ=255) aaCCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATctgctg < 2:1290722/100‑1 (MQ=255) cccTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCa < 2:2649273/100‑1 (MQ=255) cccTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCa > 1:2447719/1‑100 (MQ=255) cacTGGCGCTGGAAGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCa > 2:2901184/3‑100 (MQ=255) ggCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGcc < 2:3723103/100‑1 (MQ=255) ggCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGcc < 2:214363/100‑1 (MQ=255) gcgcTGGGCGGCAGTAAAGTTAGAGGTTCATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACg < 1:2887404/97‑1 (MQ=255) cgcTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAg > 2:3040673/1‑100 (MQ=255) gcTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAg > 1:2837723/1‑99 (MQ=255) ggACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGaaa < 1:3531143/99‑1 (MQ=255) ggACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAAt > 2:879512/1‑100 (MQ=255) ggACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAAt < 1:2020566/100‑1 (MQ=255) ggACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGACTGGTAGCAGTTTGCGTGGTGGATCTGGTGCTTTTTCTGCTGCACGCCAGaa > 1:1102183/1‑98 (MQ=255) gACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATa < 2:2438315/100‑1 (MQ=255) gACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGGCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATa < 2:3497601/100‑1 (MQ=255) aCGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaa > 2:3060216/1‑100 (MQ=255) tccgatctaaGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaac < 1:3748501/92‑1 (MQ=255) ggCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaac > 2:2761426/1‑99 (MQ=255) ggCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGAGTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaaca < 1:1925689/100‑1 (MQ=255) gCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGTAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaacaa > 1:799291/1‑100 (MQ=255) gCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaacaa > 2:1491060/1‑100 (MQ=255) cAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaacaac > 2:1767073/1‑100 (MQ=255) cAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaacaac < 2:547130/100‑1 (MQ=255) cAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaacaac > 1:1209197/1‑100 (MQ=255) aGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAAcc < 1:4028107/100‑1 (MQ=255) gTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCACAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCg < 1:561108/100‑1 (MQ=255) aaGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCCGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGc < 1:1154561/100‑1 (MQ=255) aaGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaacagatcgga > 2:3748518/1‑93 (MQ=255) aGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGcc < 2:2354556/100‑1 (MQ=255) ggTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGccc < 1:384072/100‑1 (MQ=255) ggTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGccc > 2:2340354/1‑100 (MQ=255) ggTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGccc < 2:417848/100‑1 (MQ=255) gTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCt > 1:2904806/1‑100 (MQ=255) tACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTg > 1:9099/1‑100 (MQ=255) aGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTc < 2:2047354/100‑1 (MQ=255) ggTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCa > 2:1013605/1‑100 (MQ=255) tttATCGCCGCGTACGATGGCAGGCCTGGTCGCAGGTGTCGTGTTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACACCCGTGCCCTGTTCAg < 2:2487657/99‑1 (MQ=255) ttATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTc < 2:552242/100‑1 (MQ=255) ttATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTc < 2:783867/100‑1 (MQ=255) ttATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCACAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTc < 1:3295158/100‑1 (MQ=255) tATCGCCGCTGAAGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCt < 1:232438/100‑1 (MQ=255) aTCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTg < 2:172021/100‑1 (MQ=255) tCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGa > 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ggCTCTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCgggg > 1:641186/1‑100 (MQ=255) ggCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCATAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCggg < 2:447006/99‑1 (MQ=255) cACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCggg > 2:1327827/1‑97 (MQ=255) cACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAg > 2:3589715/1‑100 (MQ=255) | TTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAG > NC_000913/2162077‑2162272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |