| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,501,197 | A→C | 46.3% | N23T (AAC→ACC) | ypdC → | putative DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,501,197 | 0 | A | C | 46.3% | 34.8 / 245.0 | 166 | N23T (AAC→ACC) | ypdC | putative DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/46); new base C (42/35); total (85/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GCCAGTTAATGCATCTTTAATCGGGAACTTTCATGAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGTGCTGCG > NC_000913/2501098‑2501296 | gCCAGTTAATGCATCTTTAATCGGGCACTTTCATGAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTaa > 2:3149782/1‑100 (MQ=255) ccAGTTAATGCATCTTTAATCGGGAACTTTCATGAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAAc < 2:626989/100‑1 (MQ=255) ccAGTTAATGCATCTTTAATCGGGAACTTTCATGAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAAc > 2:2094204/1‑100 (MQ=255) aGTTAATGCATCTTTAATCGGGCACTTTCATGAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAAccc > 1:2479593/1‑100 (MQ=255) aGTTAATGCATCTTTAATCGGGAACTTTCATGAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAAccc < 2:2084669/100‑1 (MQ=255) tAATGCATCTTTAATCGGGAACTTTCATGAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCa < 2:3160257/100‑1 (MQ=255) 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tGAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTgccag > 1:1349569/1‑100 (MQ=255) gAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTgccagc < 1:3326947/100‑1 (MQ=255) gAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTgccagc > 1:2601046/1‑100 (MQ=255) gAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTgccagc > 1:1895748/1‑100 (MQ=255) aaGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGCCTGGTTTgccagcca > 2:4200273/1‑100 (MQ=255) aGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTgccagcca > 1:116397/1‑99 (MQ=255) gCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCTACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCcagccagc > 1:2362773/1‑100 (MQ=255) cACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCagccagcc < 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ggCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCCACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAgcctgcct > 1:3445327/1‑100 (MQ=255) ggCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAgcctgcct > 2:2825229/1‑100 (MQ=255) ggCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAgcctgcct > 2:300607/1‑100 (MQ=255) ggCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAgcctgcct > 1:677961/1‑100 (MQ=255) cTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCg > 1:1757090/1‑100 (MQ=255) ttGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGt < 1:660246/100‑1 (MQ=255) ttGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGt < 1:153803/100‑1 (MQ=255) gCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTg > 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aTTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTa < 2:1289127/100‑1 (MQ=255) aTTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGACAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTa > 1:3618212/1‑100 (MQ=255) aTTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTa < 1:989921/100‑1 (MQ=255) tttttCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTAt < 2:3537880/100‑1 (MQ=255) ttttCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATg < 2:2200090/100‑1 (MQ=255) tttCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGt > 2:1890807/1‑100 (MQ=255) tttCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGt > 2:1770054/1‑100 (MQ=255) tCGCCGATCTGTTAAGCGGCTTGGTGTTTACCTCGCAACTCCTGGGGCGCGTCTGGTTTGCTAGCGAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATg < 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2:1922350/100‑1 (MQ=255) tGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGatat < 2:3467245/100‑1 (MQ=255) tGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGatat > 2:2387356/1‑100 (MQ=255) ggTGCTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATc > 2:1161949/1‑100 (MQ=255) tGCTTACCCCGCACCTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTTGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGt < 1:4149189/100‑1 (MQ=255) tGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGt < 2:2002725/100‑1 (MQ=255) tGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGt > 1:4085441/1‑100 (MQ=255) tGCTGAACCCGCAGCTACTGGGGCGCGTCTGGTTGGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGt < 1:2122465/100‑1 (MQ=255) gCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGtg > 2:3700693/1‑100 (MQ=255) cTTACCCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGtgc < 1:1775640/100‑1 (MQ=255) ttAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGtgct > 1:1532262/1‑100 (MQ=255) tAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGtgctg > 1:1230053/1‑100 (MQ=255) | GCCAGTTAATGCATCTTTAATCGGGAACTTTCATGAAAGCACCAGGCTTGCCCGCCGATCAACAATTTTTCGCCGATCTGTTCAGCGGCCTGGTGCTTAACCCGCAACTACTGGGGCGCGTCTGGTTTGCCAGCCAGCCTGCCTCGTTGCCGGTGGGCAGTTTATGTATTGATTTTCCCCGTCTGGATATCGTGCTGCG > NC_000913/2501098‑2501296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |