| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,016,405 | C→T | 43.1% | L116F (CTT→TTT) | ygfK → | putative Fe‑S subunit oxidoreductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,016,405 | 0 | C | T | 43.1% | 89.9 / 225.7 | 188 | L116F (CTT→TTT) | ygfK | putative Fe‑S subunit oxidoreductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/57); new base T (46/35); total (96/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
AAAACCGTCCAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGTTCCAGCCTTCTGATTCCGGTAAATCGTTCATCTTTAATA > NC_000913/3016306‑3016504 | aaaaCCGTCCAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGc > 2:4256856/1‑100 (MQ=255) aaaCCGTCCAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGCAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCt < 1:1664356/100‑1 (MQ=255) aCCGTCCAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTa < 2:2217145/100‑1 (MQ=255) ccGTCCAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTa < 2:3971903/99‑1 (MQ=255) ccGTCCAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTaa > 2:1406814/1‑100 (MQ=255) tCCAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGc > 1:2973934/1‑100 (MQ=255) ccAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGcc > 2:383497/1‑100 (MQ=255) ccAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGcc < 2:741171/100‑1 (MQ=255) cAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCt > 2:1186366/1‑100 (MQ=255) cAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTAGCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTGACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCt > 1:2287310/1‑100 (MQ=255) cAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTAACGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTGAAAGCCt > 1:2291484/1‑100 (MQ=255) cTTGCCCGCCGGGCGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATg < 1:2552939/100‑1 (MQ=255) cTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATg < 1:1768446/100‑1 (MQ=255) ttGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTACAGCCTGGGATGa < 1:3171552/100‑1 (MQ=255) ttGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGa > 1:2232405/1‑100 (MQ=255) tGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGaa > 2:3425342/1‑100 (MQ=255) gACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAAt < 2:2722010/100‑1 (MQ=255) ccGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAATGCCTGGGATGAATAc > 2:4215555/1‑100 (MQ=255) cGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATAcc < 1:445835/100‑1 (MQ=255) gCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATTCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCt < 2:1622587/100‑1 (MQ=255) gCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCt < 1:2871019/100‑1 (MQ=255) gCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCt > 2:1677294/1‑100 (MQ=255) gCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCt > 1:1013305/1‑100 (MQ=255) ccTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTc > 2:2023428/1‑100 (MQ=255) ccTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTc < 1:3434874/100‑1 (MQ=255) ccTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTc > 1:1329181/1‑100 (MQ=255) ggAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCaaa > 1:524074/1‑100 (MQ=255) gAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAg > 2:859731/1‑100 (MQ=255) gAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAg < 1:4215533/100‑1 (MQ=255) gCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGcc > 2:3319609/1‑100 (MQ=255) gCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGcc > 2:3242335/1‑100 (MQ=255) cttgAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTCGCCTGCTTAAAGCATGGGATGAATACTTCAAAGcc > 1:1001133/4‑99 (MQ=255) cTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCt > 1:694182/1‑100 (MQ=255) cTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCt > 1:2205073/1‑100 (MQ=255) cTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCt > 1:9081/1‑100 (MQ=255) tGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTg < 2:1214704/100‑1 (MQ=255) ggAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTgg > 2:2507006/1‑100 (MQ=255) gAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGt > 1:3421197/1‑100 (MQ=255) gCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGcc < 2:3735243/100‑1 (MQ=255) cccTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGccc < 1:3832068/100‑1 (MQ=255) cccTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGccc < 1:102525/100‑1 (MQ=255) cccTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGccc < 2:930332/100‑1 (MQ=255) ccTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCt > 1:3351863/1‑100 (MQ=255) cTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGACGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTg > 2:3037326/1‑100 (MQ=255) gTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTTGTTTGCCCTGCa < 2:1979180/100‑1 (MQ=255) gATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTtc > 2:2191470/1‑100 (MQ=255) gCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCg > 2:4137221/1‑100 (MQ=255) gCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCg > 1:61726/1‑100 (MQ=255) gCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCg < 2:2539738/100‑1 (MQ=255) ccGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGa > 1:735482/1‑100 (MQ=255) cGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGaa > 2:4030782/1‑100 (MQ=255) gAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAg < 1:265057/100‑1 (MQ=255) gAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAg < 1:1597024/100‑1 (MQ=255) tctaCGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGc < 2:653437/97‑1 (MQ=255) aaGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGc < 1:2130136/100‑1 (MQ=255) aaGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGc < 1:2393668/100‑1 (MQ=255) aaGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGc < 2:1777027/100‑1 (MQ=255) cGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATg < 2:515458/100‑1 (MQ=255) cGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATg > 1:417938/1‑100 (MQ=255) cGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATg > 1:417153/1‑100 (MQ=255) cGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATg > 2:3880197/1‑100 (MQ=255) cGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATg > 1:1913886/1‑100 (MQ=255) gAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGt > 2:2350833/1‑100 (MQ=255) gTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGTTc < 2:3564675/100‑1 (MQ=255) tGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAACGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGTTc < 1:1247652/99‑1 (MQ=255) gCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGTTCCa > 2:3704401/1‑100 (MQ=255) 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cTGTTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGTTCCAGCCTTCTGATTCCGGTAAATCGTTCATCTTTa < 2:354153/100‑1 (MQ=255) cTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGTTCCAGCCTTCTGATTCCGGTAAATCGTTCATCTTTa > 1:2723004/1‑100 (MQ=255) cTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGTTCCAGCCTTCTGATTCCGGTAAATCGTTCATCTTTAata > 2:692148/1‑100 (MQ=255) cTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGTTCCAGCCTTCTGATTCCGGTAAATCGTTCATCTTTAata < 2:2662481/100‑1 (MQ=255) | AAAACCGTCCAAATTCTTGACCGCCTGGAGCTGGAAAAGCCCTGTATCGATGCCGAAGACGAGTGCTTTAACACCGAATGGTCTACCGAGTTTACCCTGCTTAAAGCCTGGGATGAATACCTCAAAGCCTGGTTTGCCCTGCACCTTCTCGAAGCGATGTTCCAGCCTTCTGATTCCGGTAAATCGTTCATCTTTAATA > NC_000913/3016306‑3016504 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |