| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,244,987 | C→T | 52.2% | intergenic (‑246/‑237) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,244,987 | 0 | C | T | 52.2% | 15.0 / 245.6 | 179 | intergenic (‑246/‑237) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/43); new base T (56/37); total (99/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
GCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCGA > NC_000913/3244889‑3245086 | cTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATaa > 1:1457629/1‑100 (MQ=255) cTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCACTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACaa > 1:2411903/1‑100 (MQ=255) tGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAg > 2:941334/1‑100 (MQ=255) tGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAg < 1:782468/100‑1 (MQ=255) tGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAg > 1:2083631/1‑100 (MQ=255) gCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGt < 2:3075914/100‑1 (MQ=255) gCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATc < 1:4011818/100‑1 (MQ=255) ccGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCt < 2:1099022/100‑1 (MQ=255) ccGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCt < 2:506798/100‑1 (MQ=255) cgcgCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCtt > 2:312311/1‑100 (MQ=255) cgcgCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCtt > 2:2515510/1‑100 (MQ=255) cgttagcaCTGGCCTTGCTGGCGGCAGTTAATGGCCCTACAAATATGCCCACATTGGTGATGGCTGTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAATTTa < 1:4080483/87‑1 (MQ=255) gcCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCt < 2:410132/100‑1 (MQ=255) cAGTACTGGCCTTGCTGTCTTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTg < 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2:2856946/1‑100 (MQ=255) tGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCa > 2:1201389/1‑100 (MQ=255) tGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCa < 2:1437113/100‑1 (MQ=255) gCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCAt > 2:3653261/1‑100 (MQ=255) gCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCAt > 2:2072855/1‑100 (MQ=255) cTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATa < 1:2854733/100‑1 (MQ=255) tGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAATTATTCCCACATGTGTGATGGCTCTCACATTTTAAAGTCGTATGATAAGTTATCTTTCTATCGTCGCAAATCATaa > 1:3891149/1‑100 (MQ=255) gtcgtcAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAg > 2:625301/1‑100 (MQ=255) 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1:2521542/97‑1 (MQ=255) tatTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGatt < 2:3900600/100‑1 (MQ=255) tatTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGatt < 2:1908071/100‑1 (MQ=255) tatTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGatt < 1:2248460/100‑1 (MQ=255) atTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattc > 2:1568925/1‑100 (MQ=255) ttCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattca < 1:887106/100‑1 (MQ=255) cgcacaTTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGattcatt > 2:2898081/3‑100 (MQ=255) cccACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCGAATTGCCGattcatt < 1:669007/100‑1 (MQ=255) 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aTGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAg > 2:732952/1‑100 (MQ=255) tGATAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGc > 2:3548914/1‑100 (MQ=255) gACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGcc < 2:1722875/100‑1 (MQ=255) aCAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCg > 2:2929665/1‑100 (MQ=255) | GCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTTAACCGGTACGGAAGCCGA > NC_000913/3244889‑3245086 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |