| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,410,196 | T→A | 24.5% | intergenic (+245/‑84) | prmA → / → dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,410,196 | 0 | T | A | 24.5% | 323.9 / 108.7 | 167 | intergenic (+245/‑84) | prmA/dusB | methyltransferase for 50S ribosomal subunit protein L11/tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/81); new base A (25/16); total (70/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TGTAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCGTAATATACGCCGCCTTGCAGTCACAGTATGGTCATTTCTTAACTCATGCGCATCGGACAA > NC_000913/3410097‑3410294 | tgtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGAtt < 2:2201636/100‑1 (MQ=255) gtAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGAtt > 1:3078425/1‑99 (MQ=255) tAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTgg < 2:601554/100‑1 (MQ=255) tAAATTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTgg < 1:3811208/100‑1 (MQ=255) aaaTTTTAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGt < 2:1972685/100‑1 (MQ=255) ttAGTCACTATTTTCTAATATGATGATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCACTTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAg < 2:4049331/100‑1 (MQ=255) 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> 2:3824186/1‑99 (MQ=255) atgatgATTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTg < 2:1957902/100‑1 (MQ=255) tgatgaTTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGc < 2:1706902/100‑1 (MQ=255) atgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCCGAGGATTGGTCAAAGTTTGCCCTTTCATCTCGTGCaa > 2:47747/1‑100 (MQ=255) atgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCaa > 2:360337/1‑100 (MQ=255) tgatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCaaa > 2:1977583/1‑100 (MQ=255) gatTTTTATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCaaaa < 2:3572379/100‑1 (MQ=255) tATGAGTAATTATCGCACCACGCTCA‑TTTTAAATGCAATTCTTTGATCCATCTCAGAGGATTGGTCAAAGTTTGGCCTTTCATCTCGTGCAAAAAATGCg < 2:1273292/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |