| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,410,649 | A→G | 52.8% | I124V (ATC→GTC) | dusB → | tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,410,649 | 0 | A | G | 52.8% | 50.6 / 212.7 | 173 | I124V (ATC→GTC) | dusB | tRNA‑dihydrouridine synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/41); new base G (45/46); total (86/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CCAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGTAACTGCGAAGAGATTGCCCAA > NC_000913/3410552‑3410747 | ccAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATc > 2:193361/1‑100 (MQ=255) cAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATcc < 1:3590412/100‑1 (MQ=255) aGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCt < 1:690784/100‑1 (MQ=255) tattGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTAcc > 2:1473538/1‑100 (MQ=255) attGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCg < 2:2769795/100‑1 (MQ=255) ttGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGa > 2:677083/1‑100 (MQ=255) ttGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGa > 1:522109/1‑100 (MQ=255) gATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAgg > 1:3133436/1‑100 (MQ=255) tatCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGgtc > 2:1663329/1‑100 (MQ=255) tatCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGgtc > 1:1109354/1‑100 (MQ=255) atCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGgtcg < 1:4264391/100‑1 (MQ=255) atCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGgtcg < 2:3979688/100‑1 (MQ=255) atCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGgtc > 1:3270584/1‑99 (MQ=255) cAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGgtcgtc < 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ggTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAg > 2:2814950/1‑100 (MQ=255) ggTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAg < 1:1836502/100‑1 (MQ=255) gTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGt < 1:3183353/100‑1 (MQ=255) gTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGt < 2:2385071/100‑1 (MQ=255) gTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGt > 2:3275537/1‑100 (MQ=255) gCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGa > 2:2317698/1‑100 (MQ=255) cccGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGAc < 2:2152458/100‑1 (MQ=255) cccGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGAc < 2:2159241/100‑1 (MQ=255) cccGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGAc > 1:667975/1‑100 (MQ=255) cccGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGAc > 1:1338/1‑100 (MQ=255) ccGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACg < 1:193361/100‑1 (MQ=255) cTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTcc < 2:1382059/100‑1 (MQ=255) cTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTcc < 1:1007817/100‑1 (MQ=255) cTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTcc < 1:216196/100‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTg < 1:2563556/100‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTg < 2:127216/100‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTg > 2:1062813/1‑100 (MQ=255) aaGTGAATCGCAAGCTCGCAGTTTCAGCCCTCTGGCAGTACCCGGATGTCGTGAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAc < 1:1288872/100‑1 (MQ=255) aaGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAc < 2:3380428/100‑1 (MQ=255) gTGAATCGCAAGCCCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTAccc > 1:1267682/1‑100 (MQ=255) aaTCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTCCCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTg > 1:3965707/1‑99 (MQ=255) aaTCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGa > 2:3781426/1‑100 (MQ=255) aaTCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTg > 2:2038091/1‑99 (MQ=255) aTCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGaa < 2:485120/100‑1 (MQ=255) aTCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGaa < 1:271786/100‑1 (MQ=255) gCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGATCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGAt > 2:299839/1‑100 (MQ=255) cAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGAtt > 1:2895030/1‑100 (MQ=255) aaGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTc < 2:3497166/100‑1 (MQ=255) aGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCg < 1:2137839/100‑1 (MQ=255) aGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCg < 1:626370/100‑1 (MQ=255) 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2:636318/1‑100 (MQ=255) tCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGc > 1:992257/1‑98 (MQ=255) tCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCAc < 2:2993168/100‑1 (MQ=255) tCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCAc < 1:2268543/100‑1 (MQ=255) cGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCAcc < 2:3569703/100‑1 (MQ=255) gCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCg < 2:3545404/100‑1 (MQ=255) ggTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCt < 1:1638277/100‑1 (MQ=255) ttCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGGTCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTgg > 1:4195287/1‑100 (MQ=255) 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aTCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGTAACTGCGAAAAGATTGc > 1:3450566/1‑99 (MQ=255) cGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGTAACTGCGAAGAGATTGCCCa < 1:1703352/100‑1 (MQ=255) cGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGTAACTGCGAAGAGATTGCCCa < 1:1002648/100‑1 (MQ=255) gATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGTAACTGCGAAGAGATTGCCCaa > 2:1329203/1‑100 (MQ=255) | CCAGATTATTGATATCAATATGGGTTGCCCGGCTAAAAAAGTGAATCGCAAGCTCGCAGGTTCAGCCCTCTTGCAGTACCCGGATGTCGTTAAATCGATCCTTACCGAGGTCGTCAATGCAGTGGACGTTCCTGTTACCCTGAAGATTCGCACCGGCTGGGCACCGGAACACCGTAACTGCGAAGAGATTGCCCAA > NC_000913/3410552‑3410747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |