| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,466,858 | G→C | 52.6% | A45G (GCC→GGC) | bfd ← | bacterioferritin‑associated ferredoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,466,858 | 0 | G | C | 52.6% | 24.2 / 246.5 | 156 | A45G (GCC→GGC) | bfd | bacterioferritin‑associated ferredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/30); new base C (51/31); total (95/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
AGAACGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAATTGCTGGAACGAGTGAGGGGAAAACTGGCGCACAGCCTGACGAATTTTT > NC_000913/3466760‑3466956 | aaCGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGcccc > 1:3929685/1‑100 (MQ=255) cGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCgg < 2:656818/100‑1 (MQ=255) cGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCgg < 2:1927973/100‑1 (MQ=255) gCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGac > 2:1294431/1‑100 (MQ=255) gCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGac > 2:3873684/1‑100 (MQ=255) gCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGac > 2:2184632/1‑100 (MQ=255) 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1:828313/1‑99 (MQ=255) tAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTAcc < 2:3375596/100‑1 (MQ=255) gTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCa > 1:1873989/1‑100 (MQ=255) gTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCa > 1:2254739/1‑100 (MQ=255) gTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCa > 1:1735433/1‑100 (MQ=255) tCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCAc > 1:2770194/1‑100 (MQ=255) tCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCAc > 1:171398/1‑100 (MQ=255) tCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCAc > 1:3182305/1‑100 (MQ=255) cAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACt > 1:2757872/1‑100 (MQ=255) aaaaaaCACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAACCTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTg < 2:1362762/100‑1 (MQ=255) aaaaaaCACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTg > 2:2849502/1‑100 (MQ=255) aaaaaCACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCAGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGa > 1:951766/1‑100 (MQ=255) cacacTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGcc < 1:1918436/100‑1 (MQ=255) acTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGAc < 1:3238952/100‑1 (MQ=255) cTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGAcc > 1:2851749/1‑100 (MQ=255) cTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGAc > 1:1327673/1‑99 (MQ=255) ccGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCgg > 2:1405010/1‑100 (MQ=255) tATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATaa > 2:1643294/1‑100 (MQ=255) tATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATaa > 2:2709903/1‑100 (MQ=255) tGCGGCCTCCTTAAACTCCCGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCCTCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGACGACAGGaaagtt > 1:1248639/1‑95 (MQ=255) tGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACCCATTTCCCGCACTGACTGCCGACCGGaacca > 1:3752443/1‑95 (MQ=255) ggACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAAtttt > 2:582045/1‑100 (MQ=255) ggACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAAtttt < 2:1758958/100‑1 (MQ=255) gACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAAttttt < 2:1693044/100‑1 (MQ=255) aCTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAAtttttt < 2:519539/100‑1 (MQ=255) cTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAAttttttt > 1:2923296/1‑100 (MQ=255) tCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTa < 1:1387608/100‑1 (MQ=255) tCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGAAACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTa < 1:2927341/100‑1 (MQ=255) tCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTa < 1:25941/100‑1 (MQ=255) ccTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTaa > 2:3538204/1‑100 (MQ=255) ccTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTaa > 2:363189/1‑100 (MQ=255) ccTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTaa > 2:138064/1‑100 (MQ=255) ccTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTaa > 1:4177470/1‑100 (MQ=255) cTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAAt > 1:4197858/1‑100 (MQ=255) cTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAAt > 1:3295057/1‑100 (MQ=255) cTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTaag > 1:1673209/1‑99 (MQ=255) cTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAAt > 1:773929/1‑100 (MQ=255) cTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAAt > 1:148131/1‑100 (MQ=255) 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tCACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAATTGCTGGAACGAGTGAGGGGAAAACTGGCGCACAGCCTGAc < 2:1290364/100‑1 (MQ=255) cACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAATTGCTGGAACGAGTGAGGGGAAAACTGGCGCACAGCCTGACg > 1:1582241/1‑100 (MQ=255) cACGCGCGCCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAATTGCTGGAACGAGTGAGGGGAAAACTGGCGCACAGCCTGAc < 2:1503/99‑1 (MQ=255) ggCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAATTGCTGGAACGAGTGAGGGGAAAACTGGCGCACAGCCTGACGAAttttt < 2:2496886/100‑1 (MQ=255) | AGAACGGCTTACGAGTAAGTCAAAAAACACACTCCGTTTATGCGGACTCCTTAAACTCCGGCAGCTGCATTAATTCATCCTCCATCACTTCACGCGCGGCCCGGACACATTTACCGCACTGATTGCCGACCGGAATAAATTTTTTTAATTGCTGGAACGAGTGAGGGGAAAACTGGCGCACAGCCTGACGAATTTTT > NC_000913/3466760‑3466956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |