| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,471,362 | C→A | 15.6% | intergenic (‑33/+38) | tufA ← / ← fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,471,362 | 0 | C | A | 15.6% | 586.8 / 80.1 | 211 | intergenic (‑33/+38) | tufA/fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (100/77); new base A (19/14); total (120/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTC > NC_000913/3471263‑3471460 | gTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTGTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTc < 1:2667663/99‑1 (MQ=255) gTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGGGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAATGCTCTCCCATTCa > 1:2451378/1‑100 (MQ=255) tCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAg < 2:3502799/100‑1 (MQ=255) cAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAgg > 1:118590/1‑100 (MQ=255) aCGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGCGCTCTCCCCTTCAGgag < 1:2856743/100‑1 (MQ=255) tGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgagaga > 2:3180388/1‑100 (MQ=255) 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2:1850444/1‑100 (MQ=255) cGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTa < 2:2887072/100‑1 (MQ=255) ggTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTCAGACACGGCTATATTCGTTCTTATAATGCTCTCCCCTTCAGGATAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCtt > 1:1033232/1‑98 (MQ=255) gTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAgg > 2:2379857/1‑100 (MQ=255) ttttGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGTGACTTTGGTATTAACCCTTAGGc < 2:1495093/100‑1 (MQ=255) ttGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCt < 2:1842427/99‑1 (MQ=255) tGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTa < 2:2441775/100‑1 (MQ=255) tGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTa > 2:3287530/1‑100 (MQ=255) gTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTAt < 2:2349065/100‑1 (MQ=255) gTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTAt > 1:3963857/1‑100 (MQ=255) cGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTa > 1:1701816/1‑100 (MQ=255) gTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTAc > 2:2675682/1‑100 (MQ=255) gTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTAc < 1:230036/100‑1 (MQ=255) tCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCa > 1:3953890/1‑100 (MQ=255) cAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCAc > 2:1551766/1‑100 (MQ=255) cAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCAc > 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ccccTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTcatcat > 1:3090525/1‑100 (MQ=255) ccccTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTcatcat > 2:3000540/1‑100 (MQ=255) cccTTCAGGAGAGAGCACGGAACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATa > 1:2082103/1‑100 (MQ=255) tCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTc < 1:300963/100‑1 (MQ=255) | GGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTC > NC_000913/3471263‑3471460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |